Использовался поиск по последовательности белка инструментом AmiGO. Лучшая находка - fructose-bisphosphate aldolase class 2 (ген fbaA) в E.coli (E-value 2.4e-131). Выравнивание хорошее (блоки есть), e-value тоже - что позволяет заключить о том, что это тот же самый белок (организмы еще оба грамотрицательные).
Далее были исследовано описание в терминах GO лучшей находки. Результат в Таблице 1, в Таблице 2 - объяснение кодов достоверности.
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot P0AB71 (ALF_ECOLI)
| Аспект | Идентификатор GO | Название термина | Перевод названия термина | Код типа достоверности |
| биологический процесс | GO:0005975 | carbohydrate metabolic process | метаболизм углеводов | IEA |
| биологический процесс | GO:0006096 | glycolytic process | гликолиз | IEA, IMP |
| клеточный компонент | GO:0005829 | cytosol | цитозоль | IDA |
| молекулярная функция | GO:0016832 | aldehyde-lyase activity | альдегид-лиаза | IEA |
| молекулярная функция | GO:0003824 | catalytic activity | каталитическая активность | IEA |
| молекулярная функция | GO:0004332 | fructose-bisphosphate aldolase activity | альдолаза дифосфат-фруктозы | IMP, IEA, IDA |
| молекулярная функция | GO:0016829 | lyase activity | лиаза | IEA |
| молекулярная функция | GO:0046872 | metal ion binding | присоединение иона металла | IEA |
| молекулярная функция | GO:0005515 | protein binding | присоединение белка | IPI |
| молекулярная функция | GO:0008270 | zinc ion binding | присоединение иона цинка | IDA, IEA |
Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
| Код типа достоверности | Расшифровка кода типа достоверности | Объяснение |
| IEA | Inferred from Electronic Annotation | Данные были получены путем автоматического непроверяемого и некурируемого переноса из баз данных. Такие данные могут основываться на сходстве последовательности или струкутры с данными для известных белков. |
| IDA | Inferred from Direct Assay | Есть подтверждающие данные каких-либо молекулярно-биологических исследований (экспрессии, взаимодействий и т.д.), направленных на изучение функции биологического объекта в норме. |
| IMP | Inferred from Mutant Phenotype | Функция, процесс или клеточная локализация предсказана на основе отличий между двумя различными аллелями гена (один аллель называют диким типом, второй - мутантным) |
| IPI | Inferred from Physical Interaction | Можно дать ссылку на объект, с которым взаимодействует интересующий нас. |
| Свойство | Значение |
| Идентификатор (Accession) | GO:0005975 |
| Название (Name) | carbohydrate metabolic process - метаболизм углеводов |
| Аспект онтологии (Ontology) | Биологический процесс |
| Синонимы (Synonyms) | carbohydrate metabolism |
| Определение (Definition) | Химические реакции и пути с участием углеводов |
| Комментарий (Comment) | None |
| Число родителей (из них - логически определенных) | 4 (2) |
| Число потомков (из них - логически определенных) | 9 (0) |
Рисунок 1. Схема отношений термина GO:0005975 со своими родителями. Черными стрелками отмечены взаимодействия типа "is a".
На рисунке 1 разными цветами отмечены стрелки, характеризующие разные отношения между терминами. Черные стрелки означают, что данный термин является каким-то другим термином. Например, "catalytic activity is a molecular function" означает, что каталитическая активность всегда является функцией молекул (при этом функция молекулы не всегда заключается в ее каталитической активности).
Схема наследования терминов логичная и для этого случая довольно простая.