Построение и визуализация электронной плотности (ЭП)

Задание 1. Построение изображение ЭП вокруг остова полипептидной цепи

1. Белок - человеческий тиоредоксин, PDB ID - 5DQY
2. Разрешение структуры 1.4 Å
3. Есть статья про эту структуру

1. Изображение полной структуры

Уровень подрезки 1.5

Уровень подрезки 2

Уровень подрезки 2.5

2. Аминокислотные остатки

Аланин 14 при разных уровнях подрезки

Аланин 14. Уровень подрезки 1

Аланин 14. Уровень подрезки 1.5

Аланин 14. Уровень подрезки 2

Триптофан 31 при разных уровнях подрезки

Триптофан 31. Уровень подрезки 0.5

Триптофан 31. Уровень подрезки 1

Триптофан 31. Уровень подрезки 1.5

Триптофан 31. Уровень подрезки 2

Гистидин 43 при разных уровнях подрезки

Гистидин 43. Уровень подрезки 1

Гистидин 43. Уровень подрезки 1.5

Гистидин 43. Уровень подрезки 2

Обсуждение

При уровне подрезки > 1.5 наблюдается отсутствие сетки электронной плотности у отдельных атомов - см. триптофан 31.