Приведенные данные означают, что длины направляющих векторов кристалла равны 53.204, 61.231 и 64.839 Å, углы между ними равны 90.00, 90.00 и 90.00 градусов (ортогональные), кристаллографическая группа данного кристалла - I 2 2 2, а число молекул в ячейке составляет 8.
Рис.1. Изображение кристаллографической ячейки. Синим выделен мономер из PDB-файла, красным - 7 достроенных мономеров (на расстоянии не более 2.6 Å от центрального мономера - подобранный параметр).
Далее выделяю все атомы центрального мономера и его соседей, расстояние между которыми не превышает 3.5 Å (расстояние водородных взаимодействий)
Рис.2. Атомы, расстояние между которыми не превышает 3.5 Å, выделены белым и зеленым.
Далее, гидрофобные взаимодействия. Гидрофобные контакты образуются на расстоянии до 4 ангстрем между ala, val, leu, ile, phe, met, pro и trp. Гидрофобные взаимодействия были обнаружены между исходной единицей и sym02000000:
Рис.2. Атомы, участвующие в гидрофобных взаимодействиях, расстояние между которыми не превышает 3.5 Å, выделены желтым (исходная единица) и зеленым.
Теперь водородные связи:
Рис.3. Изображены водородные связи между центральной единицей (синяя) и соседствующей с ней sym01000000 (красная).
Малое количество взаимодействий между соседними глобулами говорит о том, что в структура не отражает взаимодействие белковых единиц при образовании комплексов
Выбрана структура 3hdd. С первого взгляда структура выглядит странно: одна из белковых цепей лежит "на краю" ДНК, немного свисая с него:
Рис.4. Структура 3hdd
После восстановления соседней ячейки видно, что цепь В контактирует с ДНК сразу в двух ячейках (исходной и соседней). Цепь В попала на границу двух соседних ячеек, поэтому и отображалась "свисающей".
Рис.5. 5X9Q - асимметрическая единица (слева) - тетрамер, биологическая единица (справа) - димер.
Рис.6. 5WBX - асимметрическая единица (слева) - мономер, биологическая единица (справа) - димер.