Для определения вторичной структуры была выбрана структура белка 5DQY.
Рис.1. Структура 5DQY (раскраска по структуре).
Вторичная структура была определена с помощью DSSP.
Выдача программы DSSP представлена в данном файле .
В заголовке PDB файла была найдена следующая информация о вторичной структуре:
Из PDB файла следует, что белок содержит 4 альфа-спирали и 5 бета-листов.
Для лучшего восприятия визуализировал выдачу DSSP:
Визуализация выдачи DSSP, H (красный) - α-helix, B (темно-синий) - residue in isolated β bridge, E (светло-синий) - β-strand, participates in β-ladder, T (светло-зеленый) - hydrogen-bonded turn, S (темно-зеленый) - bend.
При сравнении границ выявлено несоответствие - в PDB аннотирована последовательность CYS32 - TYR49, а DSSP выделяет границы GLY33 - LYS48, причем TYR49 выделен, как bend.
При сравнении границ выявлено несоответствие - в PDB аннотирована последовательность ASP60 - CYS62, а DSSP выделяет границы VAL59 - ASP61, причем CYS62 выделен, как bend.
При сравнении границ несоответствий не выявлено - и в PDB, и DSSP указывают на последовательность ILE53 - ASP58.
При сравнении границ несоответствий не выявлено - и в PDB, и DSSP указывают на последовательность VAL23 - SER28.
Предсказанные границы альфа-спиралей в обоих случаях не совпадают на 1 остаток с обоих концов, а бета-листы предсказаны с абсолютной точностью. В целом предсказание подтверждает аннотацию.