С помощью CluD были проанализированы гидрофобные кластеры белка 5DQY.
При стандартных параметрах (порог расстояния - 5,4 Å, порог количества атомов в кластере - 3) было обнаружено 3 кластера из 212, 5 и 4 атомов.
Рис.1. Гидрофобные кластеры 5DQY. Параметры: порог расстояния - 5,4 Å, порог количества атомов в кластере - 3.
Маленькие кластеры скорее всего не имеют биологического смысла. Далее порог расстояния был уменьшен до 4,5 Å, а порог атомов в кластере увеличен до 20. Маленькие кластеры пропали, а большой сохранился и уменьшился до 193 атомов.
Рис.2. Гидрофобные кластеры 5DQY. Параметры: порог расстояния - 4.5 Å, порог количества атомов в кластере - 20.
Визуально полученный гидрофобный кластер вкладывается в структуру белка и выглядит правдоподобно.
Также была проанализирована структура ДНК-связывающего комплекса 1DDN при пороге расстояния 4,5 Å и пороге числа атомов в кластере - 20. Было обнаружено 6 гидрофобных кластеров в белке, они располагаются как внутри белковых цепей, так и между ними:
Рис.3 Гидрофобные кластеры 1DDN. Параметры: порог расстояния - 4.5 Å, порог количества атомов в кластере - 20.
По расположению кластеров можно предположить, что белок содержит некоторые гидрофобные кластеры для взаимодействия с ДНК.