В банке PDB была найдена структура 2NBK (Structure of the Rpn13-Rpn2 complex), полученная методом ЯМР и содержащая 2 цепи (А и В) и 10 моделей.
Рис. 1. Структура 2NBK с показанной поверхностью (surface_quality=2, transparency=0.7)
Для каждой модели было найдено значение площади молекулярной поверхности и поверхности, доступной для растворителя.
Таблица 1. Значения площади молекулярной поверхности и поверхности, доступной для растворителя.
На основании полученных данных был построен следующий график:
Рис.2. График зависимости площади, доступной для растворителя, от площади молекулярной поверхности
Из графика видно, что с увеличением площади молекулярной поверхности растет площадь, доступная для растворителя.
Далее были построены поверхности межцепочечных контактов (выделены различными цветами: зеленый - цепь A, голубой - B).
Рис. 3. Поверхности межцепочечных контактов (зеленый - цепь A, голубой - B).
Далее цепи были разделены на объекты с помощью extract, затем также были построены поверхности межцепочечных контактов:
Рис. 4. Поверхности межцепочечных контактов при разделении цепей на объекты (зеленый - цепь A, голубой - B).
Видно, что разделение обекта на две цепи привело к образованию прерывистой поверхности. Видимо, неоходимо рассматривать молекулу, не разделяя ее на цепи, так как становится сложно анализировать площадь контакта.