Мой белок — Октаноилтрансфераза Octadecabacter antarcticus. В качестве запроса в программу BLAST я ввела последовательность данного белка.
Параметры выравнивания:
Для множественного выравнивания я взяла первые 7 белков из выдачи, включая непосредстенно октаноилтрансферазу O.antarcticus. Среди белков 6 принадлежит роду Octadecabacter и 1 роду Nymphon (удивительно, но это морской паук, а не какая-нибудь бактерия. Остальные белки в выдаче принадлежат так или иначе бактериям).
Множественное выравнивание в JalviewВсе 7 белков хорошо выравнялись и вероятно действительно гомологичны друг другу.
Из белков, на которые разрезается полипротеин, я выбрала РНК-зависимую РНК-полимеразу (RNA-directed RNA polymerase). Координаты: 1260-1844.
Фрагмент в формате fasta.Для множественного выравнивания я выбрала последовательности вирусов других растений (томата, норичника, сорго, люцерны посевной) и один вирус, инфецирующий насекомых.
Множественное выравнивание.Если ограничить поиск вирусами, то выдача не меняется. Там по-прежнему растительные и некоторая часть нерастительных вирусов. E-value не поменялось нигде.
Я взяла другой белок этого полипротеина (Methyltransferase/Protease/Ubiquitinyl hydrolase). Для него E-value у части находок различаются. У вируса норичника E-value ниже на порядок в запросе, где в поиске были только вирусы (значения E-value 5e-180 для поиска среди вирусов и 6e-179 для поиска среди всех организмов). Доля вирусных белков (доля длины белков вирусов от суммарной длины всех последовательностей): 1/12