<>

Практикум 11


Выбор семейства доменов

Для того, чтобы подобрать семейство я использовала фильтры электронных таблиц. В итоге был выбран дельта эндотоксин.

Семейство Endotoxin_C

Немного о функциях домена

Функция — инсектицидная. Припроглатывание белки расщепляются, после чего становятся активными. В активном состояние белки прикрепляются к эпителию кишечника, вызывая лизис эпителия.

Домен встречается исключительно у рода бактерий Bacillus.

Выравнивание seed

Если выставить раскраску на 100% порог идентичности, то ясно что абсолютно консервативных позиций нет. Максимально консервативная позиция — 5 аминокислота. Только в двух последовательностях в этой позициии стоят не пролины (что составило порог в 97% идентичности). Данная консервативная позиция водит в достаточно достоверный блок с 1 по 9 нуклеотид.

На участке с 79-108 нету достоверных блоков. Навряд ли этот участок отражает ход эволюции.

В выравнивание есть несколько достоверных блоков, по которым можно судить о гомологии. Например, блок в начале с 1-9 нуклеотид или чуть ближе к центру с 30-34 нуклеотид. Также о гомологии можно судить по блоку с 71 по 78 нуклеотиды.