1. Бактерия, которая мне досталась — Octadecabacter antarcticus 307. Назвали ее за счет синтезируемых октодекановых жирных кислот (18:1), которые составляют свыше 70% от общего содержания жирных кислот. В связи с этим для исследования я выбрала октаноилтрансферазу, которая участвует в метаболизме этих жирных кислот. В качестве поискового запроса я ввела просто (taxonomy_id:1217908). Всего поиск выдал 4,327 результатов. ID: M9RC48_9RHOB; AC: M9RC48.
2. Данный белок переносит синтезированную октодекановую кислоту от октаноил-ацильного белка-носителя на липоат-зависимые ферменты. В частности этот фермент участвует в биосинтезе липоильного кофактора.
4. Также я решила посмотреть какие еще белки участвуют в сшивание липоамида и лизина в данной бактерии. Поисковый запрос (cc_pathway:"protein lipoylation via endogenous pathway")AND(taxonomy_id:1217908). Помимо октаноилтрансферазы в этом пути участвует липоилсинтаза. Это второй фермент в данном пути: октаноилтрансфераза пришивает к белку октодекановую кислоту, а липоилсинтаза делает из нее липоат (2 находки). Следующим шагом я решила посмотреть в каких еще организмах пристуствуют ферменты данного пути. Поисковый запрос:(cc_pathway:"protein lipoylation via endogenous pathway"). Беглый просмотр показал, что данные ферменты есть как у эукариот, так и у прокариот, в частности, они есть и у нас. Всего поиск выдал 68,202 результата. Далее я посмотрела какие белки этого семейства есть у человека. Запрос:(family:LipB) AND (organism_id:9606). Оказалось, что у нас есть один митоондриальный белок из этого семейства — липоилтрансфераза 2. Катализируемая реакция у этого белка такая же, как и у октаноилтрансферазы.