Практикум 8

Выбор протеома

В протеоме моей бактерии насчитывается 4,327 белков. СPD — close to standart, поэтому я решила взять протеом моей бактерии (для родственных видов были протеомы и с большим количеством белков (до 6 000) и с меньшим (<4 000).

Протеом был скачан командой: wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=UP000005307' -O UP000005307.swiss.gz

В качестве контроля я взяла референсный геном бактерии Dinoroseobacter shibae DSM 16493. Эта бактерия — мезофил, оптимум для ее роста — 33 °C (Octadecabacter antarcticus 307 обитает при температуре 4 °C). Идентификатор протеома: UP000006833; количество белков: 4,086.

Протеом был скачан командой: wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=UP000006833' -O UP000006833.swiss.gz

Сравнение протеомов

Трансмембранные белки

У O.antarcticus оказалось 17% трансмембранных белков, что на 3% выше чем у D.shibae. Различие незначительное.

Ферменты

У O.antarcticus всего 28% ферментов, а у D.shibae 21%. На мой взгляд, различие не такое уж и значительное.

Белки транспортеры

Я решила посмотреть сколько у эти бактерий белков транспортеров. Выяснилось, что у Dinoroseobacter shibae DSM 16493 их больше, но не сильно. Всего 382, что составляет 9% у D. shibae и 233 у O. antarcticus, что есть 5%. Также я посчитала количество ABC-транспортеров, у D. shibae их также чуть больше. Вообще D. shibae галофит, поэтому возможно из-за этого у нее больше транспортеров, с другой стороны их не наного больше.

Сравнение долей аминокислот

По некоторым данным, в белках пихрофилов происходит больше замен на Ile, Phe, Tyr, Lys, Arg, His, Glu и Ley [1]. Я решила проверить будут ли какие-то различия в содержание этих аминокислот, ведь Octodecabacter — психрофильная бактерия, а Dinoroseobacter — мезофильная. Процент этих аминокислот оказался схож (39% у обеих бактерий). Жалко. Потом я решила посмотреть процентное соотношение всех аминокислот по отдельности, результат можно видеть в таблице:

Видно, что процент содержания аланина, лейцина и изолейцина в целом выше у O.antarcticus. Как отмечается в статье [1] для белков психрофильных бактерий характерен аланин (как аминокислота с небольшим алифатическим радикалом).

Ссылка на коллаб с скриптами.

Источники:

1. Jahandideh, M., Barkooie, S. M. H., Jahandideh, S., Abdolmaleki, P., Movahedi, M. M., Hoseini, S., … Firoozabadi, N. H. (2008). Elucidating the protein cold-adaptation: Investigation of the parameters enhancing protein psychrophilicity. Journal of Theoretical Biology, 255(1), 113–118. doi:10.1016/j.jtbi.2008.07.03