Практикум 7
Выбранный организм: северный морской слон
Нерпы — существа, асимптотически приближающиеся к идеальным. Их наикруглейшие формы не могут не восхищать, мой сайт в основном оформлен нерпами, к сожалению, у нерп ничегошеньки не аннтировано, пришлось выбрать орского слона (Mirounga angustirostri ).
Набрав в NCBI ключевое слово "seal", я получила много разных таксонов, а к ним примечания сколько сборок существует. Потом я выбрала род морских слонов (там сборок было чуть побольше). А потом собственно северного морского слона.
У северного сормкого слона 17 хромосом.
Сама сборка референсная, те соответсвует абстрактному представителю вида, именно с референсным геномом потом сравнивают другие последовательности из этого же вида и отличия называют "генетическими вариантами". GenBank — GCA_028975605.1. Сборка имеет хромосомный уровень, это значит что были получены "псевдомолекулы" отвечающие за биологические хромосомы. В такой сборке всё ещё могут присутствовать пробелы
Некоторые характеристики сборки
| Информация | |
|---|---|
| Идентификатор GenBank | GCA_021288785.3 |
| Идентификатор RefSeq | GCF_021288785.2 |
| Общий размер генома | 2.4 Gb |
| Scaffold N50 | 139.7 Mb |
| Contig N50 | 76.2 kb |
| Scaffold L50 | 7 |
| Contig L50 | 8,920 |
N50 — длина такого контига, что 50% нуклеотидов сборки содржится в контигах такой и большей длины.
L50 — наименьшее число контигов, в которых содержится 50% нуклеотидов сборки.
Скачивание файлов
Потом я скачала нуклеотидные последовательности (fasta формат), последовательности белков (fasta формат) и последовательности генома с аннотацией (gbff формат).