Учебный сайт Юдиной А.С.

Главная

Обо мне

Семестры

База данных UniProt.

Uniprot ID A0A0U3LMY0_STRGL
Uniprot AC A0A0U3LMY0
Refseq ID WP_010060695.1; NZ_CP013738.1
PDB ID -
Длина 171 AA
Молекулярная масса 17880 MW
SubName (Full) Chitin-binding protein {ECO:0000313|EMBL:ALU92050.1}
Описание данных таблицы.
Я нашла запись Uniprot с помощью сервиса "Retrieve/ID mapping" по идентификатору CDS - ALU92050.1. Данные Uniprot говорят о том, что исследованный белок называется Chitin-binding protein, он свойственен организму Streptomices globisporus, штамм С-1027. Впервые информация об этом белкке поступила в UniProtKB 16 марта 2016 (DT). Здесь представлена полная последовательность белка, а не отдельный фрагмент. Интересная особенность - у данного белка нет рекомендованного названия, поэтому в таблице в соответствующей графе я указала SubName; также в поле DR нет ссылки на PDB файл, поэтому в таблице прочерк. Из локальных особенностей последовательности (FT) можно назвать: 1) Белок предстьавлен одной цепью из 171 аминокислотного остатка. 2) Присутствует сигнальная часть с 1 по 30 аминокислотный остаток, поэтому фактически белковая цепь состоит из 141 остатка. Возможно, эта последовательность в начале нужна для выхода белкового продукта из клетки или для связывания с соответствующим рецептором. 3) В цепи белка выделяется домен с 31 по 168 остаток.
Что касается достоверности рассматриваемой мною последовательности, в поле PE указан код 4, что говорит лишь возможном существовании белка - полученные данные еще никак не были подтверждены.

Описание кластеров Uniref.

  • Uniref100 объединяет идентичные последовательности или фрагменты из 11 и более остатков, являющиеся подпоследовательностями. ID кластера моего белка - UniRef100_A0A0D6VGS2. Кроме моег обелка в нем также находится Chitin binding protein организма Streptomyces griseus. Эта последовательность является точной копией последовательности моего белка. Её ID - A0A0D6VGS2_STRGR, ссылка на PDB файл тоже отсутствует, достоверность существования белка аналогично пока не была подтверждена.
  • Uniref90 сотставлен из псоледовательностей, идентичных по крайней мере на 90% или перекрывающихся на 80% и более. ID кластера - UniRef90_A0A1B9ETE9, в нем содержится 42 последовательности, все они имеют длину 171 остаток и принадлежат организмам из рода Streptomices. Среди этих белков есть 16, для которых известна только последовательность аминокислот, и информация о нихзаписана тоько в файлы формата FASTA.
  • UniRef50 составлен из последовательностей идентичных на 50%. ID кластера - UniRef50_A0A1B9ETE9, в нем содержится 269 последовательностей, длина варьирует от 148 до 181 остатка. Белки этого кластера встречаются у разных групп бактерий.

Результаты поиска в UniProt.

    • Поиск: name:"chitin binding protein".(искала по SubName)
    • Результаты: найдено 2 985, из них 5 рецензировано Swiss-Prot.
    • Поиск: name:"chitin binding protein" AND organism:"Streptomyces globisporus C-1027 [1172567]"
    • Резудьтаты: найдено 3, из них 0 рецензировано Swiss-Prot.
    • Поиск: name:"chitin binding protein" taxonomy:"Streptomycetaceae [2062]"
    • Резудьтаты: найдено 807, из них 0 рецензировано Swiss-Prot.
    • Поиск: name:"chitin binding protein" taxonomy:"Actinobacteria [201174]"
    • Резудьтаты: найдено 1 073, из них 0 рецензировано Swiss-Prot.

Из результатов четырёх сеансов поиска можно сделать вывод, что белки с таким названием плохо изученны и особенно свойствены бактериям отдела Actinobacteria.
    • Поиск: name:homeobox
    • Резудьтаты: найдено 26 519, из них 1 393 рецензировано Swiss-Prot.
    • Поиск: name:homeobox taxonomy:"Metazoa [33208]"
    • Резудьтаты: найдено 20 243, из них 1 137 рецензировано Swiss-Prot, самый популярный организм для исследований - человек.
    • Поиск: name:homeobox taxonomy:"Viridiplantae [33090]"
    • Резудьтаты: найдено 4 846, из них 224 рецензировано Swiss-Prot, самый популярный организм для исследований - Arabidopsis thaliana.
    • Широкий поиск: name:trypsin
    • Найдено 12 931, из них 310 рецензировано Swiss-Prot.
    • Поиск: name:trypsin name:inhibitor
    • Найдено 2 753, из них 209 рецензировано Swiss-Prot.

Записи RefSeq.

Моему белку соответствуют одна запись RefSeq (WP_010060695), вторая запись соответствует полному геному организма, белок которого изучается (NZ_CP013738). Итак, запись RefSeq для белка содержит меньше информации, чем база Uniprot. А именно - 1) В RefSeq указан только род организмов, к которому принадлежит белок. В Uniprot записан точный вид, в моем случае даже штамм, и описаны его примчательные свойства. 2) В RefSeq не приведена молекулярная масса белка. 3) В RefSeq не написано, что первые 30 остатков цепи являются сигнальной последовательностью.4) В RefSeq не приведена инормация о публикациях исследований о данном белке. 5) И в RefSeq нет ссылок на другие базы данных.

История записи.

Запись о моем белке была добавлена в базу 16 марта 2016 года, с тех пор появилось 5 версий записи, но все они соответствуют одной версии секвенирования последовательности. По сравнению с самым первым вариантом в более поздние была добавлена информация о локальных особенностях последовательности (FT) и ссылки на другие базы данных (DR).

Обозначения.

  • Нестандартные аминокислоты NON_STD:
    1. Пирролизин - Pyl - O.
    2. Селеноцистеин - Sec - U.
    3. Аспарагиновая кислота ИЛИ аспарагин - Asx - B.
    4. Глутаминовая кислота ИЛИ глутамин - Glx - Z.
    5. Любая аминокислота - Xaa - X.
  • Посттрансляционные модификации MOD_RES(приведу некоторые):
    1. HYDROXYLATION
    2. PHOSPHORYLATION
  • Дисульфидные связи DISULFID.
  • Варианты последовательности, полученные в результате альтернативного сплайсинга, альтернативного использования промотера, альтернативной инициации или сдвига рамки считывания на рибосоме - VAR_SEQ.

Информация взята с сайта Uniprot: help.

© Юдина Анастасия, 2016