Учебный сайт Юдиной А.С.

Главная

Обо мне

Семестры

Визуализация биомолекул с помощью Jmol

Small Chitin-Active Lytic Polysaccharide Monooxygenase Domain (LPMO). LPMO относится к классу ферментов гидролаз,
ускоряет реакцию каталитичской деполимеризации сложных полисахаридов, таких как хитин и целлюлоза. Данный LMPO domain обладает наименьшими размерами из всех подобных белков, чьи структуры были ранее изучены.[1]

Скрипт, последовательно показывающий изображения данной биомолекулы, находится здесь.

Водородная связь возникает между электроотрицательным атомот и атомом водорода, связанного ковалентно с другим электроотрицательным атомом.
Водородная связь характеризуется длинной и углом N-O-C.В Таблице 1 приведены параметры водородных связей, стабилизирующие вторичную структуру белка.
Данные получены с момощью программы Jmol (инструментами measurments).

В значениях параметров водородных связей, представленный в таблице, можно увидеть некоторые особенности.

Длина связей, как и следовало ожидать, колеблется около значения 3.0 Å. Причем для альфа-спиралей разброс значений меньше, чем для бета-тяжей.

Значение угла N-O-C сильно отличается от ожидаемого (180°). У альфа-спиралей средняя величина угла составляет 126.3°, у бета-тяжей среднее значение - 155.8°, что ближе к типичному углу.

Полученные мною данные хорошо соотносятся с теорией. Длина связи действительно близка к стандартной (3.0 Å), но значение углов сильно меньше теоретического. Это может быть связано с большими размерами данной белковой молекулы и особенностями вторичной структуры белка. Можно сделать вывод, что наибольшую силу водородные связи в данной молекуля имеют при угле меньшем, чем 180°.

Источники:

1.RCSB PDB