Учебный сайт Юдиной А.С.

Главная

Обо мне

Семестры

Банки данных нуклеотидных последовательностей.

1. Характеристика качества сборки генома эукариотического организма.

1. Найден организм - Macaca mulatta - в базе NCBI с помощью функции Browse by organism.
2. Характеристика организма: для данного организма известно 6 сборок генома, проектов по секвенированию данного организма - 278, число образцов для одной сборки (в рамках рассматриваемого проекта) - 2. Таблица с основной информацией:
   
3. Найдена таблица контигов. Все ссылки сохранены в google форму.
   

2. Описание ключей, используемых в таблице.

На сайте INSDC были найдены описания всех встречающихся при описании генома ключей.

3. Описание геномного проекта.

1. Был выбран геномный проект для рассмотрения - 100,000 Genomes.
2. Собрана вся необходимая информация с сайта проекта.
3. Последняя публикация по проекту в PubMed.

4. Митохондриальные гены.

1. Был выбран организм - Arabidopsis thaliana, относящаяся к царству Viridiplantae.
   
2. По запросу в Nucleotide была найдена вся нужная информация про митохондриальные гены.