Филогенетические деревья.
Для построения филогенетического деревья были выбраны следующие протеобактерии:
| Название |
Мнемоника |
| Bradyrhizobium diazoefficiens |
BRADU |
| Rhodobacter sphaeroides |
RHOS4 |
| Pseudomonas aeruginosa |
PSEAE |
| Enterobacter sp. 638 |
ENT38 |
| Yersinia pestis |
YERPE |
| Haemophilus influenzae |
HAEIN |
| Pasteurella multocida |
PASMU |
| Proteus mirabilis |
PROMH |
Далее по скобочной формуле Newick с помощью программы MEGA было построено дерево.
((((PASMU,HAEIN),((ENT38,YERPE),PROMH)),PSEAE),(BRADU,RHOS4));
Рис.1 Филогенетическое дерево группы протеобактерий.
У филогенетических деревьев выделяют два типа ветвей. Тривиальные ветви отделяют один лист дерева от всех остальных;
нетривиальные ветви разделяют группу последовательностей, т.е. с каждой стороны несут более одного объекта.
У построенного дерева имеются следующие нетривиальные ветви:
- {PASMU,HAEIN} vs {ENT38,YERPE,PROMH,PSEAE,BRADU,RHOS4}
- {ENT38,YERPE} vs {PASMU,HAEIN,PROMH,PSEAE,BRADU,RHOS4}
- {ENT38,YERPE,PROMH} vs {PASMU,HAEIN,PSEAE,BRADU,RHOS4}
- {ENT38,YERPE,PROMH,PASMU,HAEIN,PSEAE} vs {BRADU,RHOS4}
- {ENT38,YERPE,PROMH,PASMU,HAEIN} vs {PSEAE,BRADU,RHOS4}
Теперь с помощью таксономического сервиса NCBI установим таксономию выбранных организмов.
| Мнемоника |
Класс |
Порядок |
Семейство |
Род |
Вид |
| BRADU |
Alphaproteobacteria |
Rhizobiales |
Bradyrhizobiaceae |
Bradyrhizobium |
Bradyrhizobium diazoefficiens |
| RHOS4 |
Alphaproteobacteria |
Rhodobacterales |
Rhodobacteraceae |
Rhodobacter |
Rhodobacter sphaeroides |
| PSEAE |
Gammaproteobacteria |
Pseudomonadales |
Pseudomonadaceae |
Pseudomonadaceae |
Pseudomonas aeruginosa |
| ENT38 |
Gammaproteobacteria |
Enterobacterales |
Enterobacteriaceae |
Enterobacter |
Enterobacter sp. 638 |
| YERPE |
Gammaproteobacteria |
Enterobacterales |
Yersiniaceae |
Yersinia |
Yersinia pestis |
| HAEIN |
Gammaproteobacteria |
Pasteurellales |
Pasteurellaceae |
Haemophilus |
Haemophilus influenzae |
| PASMU |
Gammaproteobacteria |
Pasteurellales |
Pasteurellaceae |
Pasteurella |
Pasteurella multocida |
| PROMH |
Gammaproteobacteria |
Enterobacterales |
Morganellaceae |
Proteus |
Proteus mirabilis |
На рисунке 2 показаны ветви, отделяющие некоторые таксономические группы:
- Ветвь 1 отделяет класс Alphaproteobacteria;
- Ветвь 2 отделяет класс Gammaproteobacteria;
- Ветвь 3 отделяет порядок Pseudomonadales;
- Ветвь 4 отделяет порядок Enterobacterales;
- Ветвь 5 отделяет порядок Pasteurellales;
- Ветвь 6 отделяет род Haemophilus;
- Ветвь 7 отделяет род Pasteurella;
- Ветвь 8 отделяет порядок Rhizobiales;
- Ветвь 9 отделяет порядок Rhodobacterales.
Рис.2
Источники
Таксономический сервис NCBI
|
