Учебный сайт Юдиной А.С.

Главная

Обо мне

Семестры

Трансмембранные белки.

База данных OPM

В базе данных OPM в разделе классификации был проанализирован тип трансмембранных белков. Были выбраны представители классов, содержащих отдельно альфа спирали и бета листы. Полученные данные сведены в таблицы 1 и 2.


Таблица 1

5ctg » Bidirectional sugar transporter SWEET2b
Толщина гидрофобной части мембраны 33.0 ± 1.2 A
Координаты трансмембранных спиралей A - Tilt: 5° - Segments: 1( 7- 28), 2( 46- 63), 3( 71- 92), 4( 102- 125), 5( 131- 155), 6( 168- 188), 7( 191- 213)
B - Tilt: 8° - Segments: 1( 8- 29), 2( 46- 63), 3( 71- 93), 4( 102- 125), 5( 131- 155), 6( 168- 188), 7( 191- 213)
C - Tilt: 5° - Segments: 1( 7- 28), 2( 46- 63), 3( 71- 90), 4( 103- 125), 5( 131- 155), 6( 168- 188), 7( 191- 213)
Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали 20
Локализация Цитоплазматическая мембрана эукариот

Рис.1. Трансмембранный белок 5сtg, встречающийся у Oryza sativa, отвечающий за двусторонний транспорт сахаров сквозь мембрану.
Таблица 2
5jzt » Aerolysin
Толщина гидрофобной части мембраны 22.8 ± 3.0 A
Координаты трансмембранных спиралей A - Tilt: 34° - Segments: 1( 238- 245), 2(254-259)
B - Tilt: 34° - Segments: 1( 238- 245), 2(254-259)
C - Tilt: 34° - Segments: 1( 238- 245), 2(254-259)
D - Tilt: 34° - Segments: 1( 238- 245), 2(254-259)
E - Tilt: 33° - Segments: 1( 238- 245), 2(254-259)
F - Tilt: 34° - Segments: 1( 238- 245), 2(254-259)
G - Tilt: 34° - Segments: 1( 238- 245), 2(254-259)
Среднее количество остатков в одном бета-тяже 6
Локализация Секретируется во внешнюю среду бактериями

Рис.2. Мембранный белок 5jzt, секретируемый во внешнюю среду в качестве защиты - белок образует поры в мембране противника. Втречается у Aeromonas hydrophila.

Анализ предсказания трансмембранных спиралей

С помощью сервисов TMHMM и phobius по последовательности белка 5сtg были предсказаны трансмембранные спирали. Выдачи программ приведены на рисунках 3 и 4.


Рис.3 Выдача сервиса TMHMM, по оси Х отложены номера аминокислот в последовательности белка, по оси У - вероятность нахождения трансмембранной спирали. Линии разных ветов соответсвуют: красные - трансмембранные участки, синии - выходящие в цитоплазму, розовые - выходящие наружу от цитоплазмы.


Рис.4 Выдача сервиса Phobius, по оси Х отложены номера аминокислот в последовательности белка, по оси У - вероятность нахождения трансмембранной спирали. Линии разных ветов соответсвуют: серые - трансмембранные участки, зеленые - выходящие в цитоплазму, синие - не присутсвующие в цитоплазме, красные - сигнальная последовательность (в данном белке ее таких участков нет).

Оба сервиса предсказали все 7 отмеченных в базе данных OPM трансмембранных спирали, никаких лишних находок нет. Картинки обоих проилей одинаковы, совпадают между собой и с OPM координаты спиралей, а также участки между спиралями, то есть нет расхождения в информации о том, выходят ли петли в цитоплазму или наружу. Вывод: расхождения в работе сервисов не выявлено.

База данных TCBD

TCBD — transporter classification database — база данных транспортерных белков. Среди рассмотренных мною белков только один (идентификатор 5jzt) был найден в этой базе данных, а именно белок аэролизин, встраивающийся в мембрану и образующий пору. В норме TC-код состоит из 5 компонентов: V.W.X.Y.Z. V (число) указывает на класс транспортера (например канал, первичный активный транспортер и т. п.), W (буква) указывает на подкласс, X (число) - на семейство, Y (число) - на подсемейство, а Z соответсвует собственно транспортеру со специфическими субстратами.
Код ТС 1.C.4

  • 1 - белки этой категории имеют трансмембранные каналы.
  • 1.C - белки, формирующие поры, относящиеся к группе токсинов.
  • 1.C.4 - белки, относящиеся к суперсемейству аеролизиновых канал-формирующих токсинов.
Информации по подсемейству и субстрату для моего белка представлено не было.

© Юдина Анастасия, 2016