Home page
Term 1
Term 2
Term 3
Term 4
About me
Faculty website

PyMOL Практикум 1

Задание 1

PDB ID: 5REG
На картинке я хотел показать, как левый карбонильный кислород лиганда образует водородные связи с одним из терминальных азотов аргинина-105 и с остовным азотом глицина-183. Как мне кажется, эти взаимодействия здесь основные, но также можно отметить гидрофобные взаимодействия пятичленного кольца лиганда с лейцином и валином и стекинг ароматического кольца лиганда и фенилаланина.

Сессия PyMOL

Задание 2

6S2M, carve=2

6STS, carve=2

Для начала хотел отметить, что в структуре 6STS почти не было молекул воды. По картам электронной плотности (уровень подрезки 2) можно видеть, что у структуры 6S2M разрешение лучше, так как сетка электронной плотности в ней гораздо лучше отражает положения индивидуальных атомов. Это наблюдение согласуется с данными по разрешению с сайта PDB: у структуры 6S2M разрешение 0.72 ангстрем, а у структуры 6STS - 3 ангстрема.

Задание 3

5REG, level 1, carve=2

5REG, level 2, carve=2

5REG, level 3, carve=2

Как можно видеть, при уровне подрезки 1 весь остов покрыт электронной плотностью. При уровне подрезки 2 перестают быть покрытыми различные петли, которые не входят в образования вторичной структуры, насыщенные водородными связями. При уровне подрезки 3 перестают быть покрыты уже атомы углерода, как менее электроотрицательные по сравнению с азотом и кислородом, вне зависимости от того, какая это часть вторичной структуры белка.

Задание 4

5REG, level 1, carve=1.5

5REG, level 2, carve=1.5

5REG, level 3, carve=1.5

Здесь наблюдается похожая картина на предыдущее задание. На уровне подрезки 1 почти все покрыто сеткой, кроме зон низкой электронной плотности лиганда. На уровне подрезки 2 лиганд перестает быть покрытым сеткой вообще, но аминокислоты вокруг него все еще покрыты (видимо потому, что образуют водородные связи друг с другом). На уровне подрезки 3 покрытыми сеткой остаются только сильно электроотрицательные атомы аминокислот.