Home page
Term 1
Term 2
Term 3
Term 4
About me
Faculty website

PyMOL Практикум 2

Задание 1

PDB ID: 3CZF

Данные две аминокислоты окружены водой со всех сторон, поэтому им совсем необязательно образовывать ионную пару для того, чтобы быть стабильными. Из возможных четырех комбинаций альтлоков невозможна только комбинация GLU76 alt B и ARG79 alt A (показано на рисунке снизу), так как при этом между азотом аргинина и углеродом глутамата расстояние всего 1.8 ангстрем, что соответствует ковалентной связи (которой там не может быть). Остальные три комбинации альтлоков вполне возможны, но две комбинации, в которых GLU76 находится в альтлоке А, будут более стабильными ввиду водородной связи глутамата с аргинином 8 (последний рисунок в этом задании)

Задание 2

При рассмотрении покраски по В-фактору становится очевидно, что чем больше В-фактор (чем краснее атом), тем меньше уверенности в его точном местоположении, так как самыми красными являются самые неорганизованные участки белка, свободные от пространственных ограничений вторичной структуры (в данном случае это концы цепи и петли между цепями бета листа). На картинке сверху показана только цепь В, для наглядности.
Для второй части задания был выбран лизин 268 цепи А. Его В-фактор заметно увеличивается к концу боковой цепи, потому что у терминальных атомов больше степеней свободы, чем у более ближних к остову атомов. Я рассмотрел электронную плотность на уровнях подрезки 0.4, 0.6, 0.8 и 1, и обнаружил, что, при повышении уровня подрезки, сеткой остаются покрыты только ближние к остову атомы, что значит, что неоднозначности положения электронной плотности у них меньше и Z-score, соответственно, больше.
3CZF, LYS268, chain A, cutoff=0.4, carve=2

3CZF, LYS268, chain A, cutoff=0.6, carve=2

3CZF, LYS268, chain A, cutoff=0.8, carve=2

3CZF, LYS268, chain A, cutoff=1, carve=2

Задание 3

Данная "молекула" белка соприкасается с десятью соседями. Отсечка для рисунка: 5. Центральная "молекула" показана красным.