Home page
Term 1
Term 2
Term 3
Term 4
About me
Faculty website

PyMOL Практикум 3

Задание 1

PDB ID: 3CZF

Остатком с самым большим средним В-фактором оказался глутамин 226 цепи А (обозначен красным на картинке, средний В-фактор 31.55), боковой радикал которого не взаимодействует ни с чем кроме растворителя, чем и объясняется высокий В-фактор. Остов этой аминокислоты находится в мало структурированном фрагменте белка, поэтому разброс между минимальным и максимальным В-фактором для данной аминокислоты составляет 8.58 (хотя мог бы быть больше). Самый низкий средний В-фактор, принадлежащий глицину 26 цепи А (отмечен циановым на картинке), равен 5.74, и разброс здесь составляет всего 0.69. Этот глицин входит в состав бета-листа, и у него, разумеется, нет боковой цепи, отсюда и низкий В-фактор. Разброс значений В-фактора, очевидно, будет тем больше, чем больше среднее его значение по аминокислотному остатку, но наличие большой боковой цепи и пространственное расположение аминокислоты тоже влияют на величину разброса.

Задание 2

На данном графике видно, что чем ближе аминокислоты к центру масс белка, тем меньше у них В-фактор. Это логично, так как все вторичные структуры обычно находятся ближе к центру масс, а неупорядоченные участки, как правило, находятся на периферии белка.

Задание 3

Таблица 1. Восстановление функции по коэффициентам ряда Фурье.

Набор гармоник	Разрешение (ангстрем)	Полнота данных (%)	Шум амплитуды (% от величины F)	Шум фазы (% от величины phi)	Качество восстановления (отличное, хорошее, среднее, плохое)	Комментарии
Полный набор гармоник
0–3	10	100%	0	0	Плохое
0–20	1.5	100%	0	0	Среднее
0–30	1	100%	0	0	Отличное
0-30	1	100%	20%	10%	Среднее
0-30	1	100%	10%	5%	Отличное

Неполный набор гармоник
2–30	1	94%	0	0	Среднее
0-13,16-30	1	94%	0	0	Хорошее	Удаление двух средних гармоник меньше портит качество восстановления, чем удаление двух начальных
0-13,16-30,40	0.5	73%	0	0	Хорошее	Добавление 40 гармоники не улучшает качество восстановления

Разрешение определяется как 30 ангстрем (длина рассматриваемого интервала) делить на номер самой старшей гармоники.
Так как мы брали параметр бета для гауссиана, равный 3 (соответствует ширине колокола в 1 ангстрем), то было ожидаемо, что качество восстановления станет отличным только вблизи разрешения в 1 ангстрем. Как видно из таблицы, шумы в 10% (амплитуда) и 5% (фаза) почти не портят качество восстановления, в то время как 20% и 10% значительно его портят (впрочем, четко видно перестает быть только атом с двумя электронами (самый маленький)).
Картинки к таблице:
Гармоники 0-3, нет шума:

Гармоники 0-20, нет шума:

Гармоники 0-30, нет шума:

Гармоники 0-30, 20% шума для амплитуды и 10% для фазы:

Гармоники 0-3, 10% шума для амплитуды и 5% для фазы:

Гармоники 2-30, нет шума:

Гармоники 0-13,16-30, нет шума:

Гармоники 0-13,16-30,40, нет шума: