Home page
Term 1
Term 2
Term 3
Term 4
About me
Faculty website

PyMOL Практикум 6

Задание 1

Здесь я работал со структурой 5REG. Poseview выдал следующую диаграмму:

Из взаимодействий, которые показаны на диаграмме, я правильно увидел стекинг и водородную связь в 1 практикуме, но не заметил гидрофобного взаимодействия с глицином (но гидрофобное взаимодействие с глицином, думаю, сильным взаимодействием априори не может быть, потому что CH2 фрагмент глицина очень маленький). Из тех взаимодействий, которые я предположил в 1 практикуме, здесь нет водородной связи нижнего на диаграмме карбонила лиганда с аргинином-105. Когда я делал практикум 1, я не померил угол между плоскостью карбонила лиганда и азотом аргинина-105, поэтому решил, что там должна быть связь. Сейчас же я это сделал, и оказалось, что угол с плоскостью почти прямой, и водородная связь там если и есть, то очень слабая из-за сильно неоптимального угла. Поэтому здесь я согласен с PoseView.

Задание 2

В структуре 0026.pdb, я думаю, лучше всего на позиции 322 будет себя чувствовать аргинин:

Боковая цепь этого остатка должна торчать внутрь кармана, полного воды и полярных химических групп. Внутри этого кармана, помимо остальных аминокислот, есть очень привлекательный для образования солевого мостика Glu-95, но до него в принципе могли бы дотянуться только лизин и аргинин. В случае лизина водородная связь получилась бы длиной 3.3 ангстрема, что по силе взаимодействия уступает двум водородным связям аргинина длиной 2.6 и 2.7 ангстрем. Этот ротамер аргинина также имеет довольно небольшое значение strain, 16.51.
Для структуры 0050.pdb в позицию 4 цепи P лучше всего подходит фенилаланин:

Здесь боковая цепь аминокислотного остатка торчит в карман, наполненный ароматикой и гидрофобными группами. В такой среде выгоднее всего будет иметь гидрофобную ароматическую аминокислоту, которая бы образовывала стекинг с другой ароматикой в кармане. Таким образом, выбор сужается до двух аминокислот: триптофан и фенилаланин. Триптофан здесь в самом стерически выгодном ротамере сильно толкается с Ser-58 (слева-сверху на рисунке)(здесь изображены два альт-лока, поэтому боковая цепь этого серина похожа на карбоксильную группу), а фенилаланин ни с кем не толкается (разве что с одной молекулой воды), поэтому, на мой взгляд, фенилаланин здесь лучше.