Home page
Term 1
Term 2
Term 3
Term 4
About me
Faculty website

PyMOL Практикум 7

Задание 1

Для этого задания мне были даны структуры 5FI9 и 5FIB, соответствующие закрытой и открытой конформациям кислой сфингомиелиназы, соответственно. При их наложении друг на друга видно, что они отличаются положением аминокислот с начала цепи А до Phe169 цепи А и положением олигосахаридного лиганда, находящегося в этой же части структуры. Также этот участок белка связывает цинк в открытой конформации, а в закрытой не связывает. Замечу, что ассиметричная единица здесь состоит из двух молекул белка, а биологическая сборка - из одной, что говорит о том, что белок в действительности мономерный.

Для открытой конформации MS=72209 ангстрем квадратных, SAS=61301, а для закрытой - MS=68798, SAS=54196 ангстрем квадратных. Отсюда видно, что площадь поверхности закрытой конформации в целом меньше, что логично, так как она закрытая. Молекулярная площадь поверхности в обоих случаях больше поверхности, доступной растворителю, что можно объяснить наличием у белка очень "негладкой" поверхности, которая "сглаживается" молекулами растворителя. То есть хотя поверхность, доступная растворителю, и раздувает структуру, она по площади меньше, потому что она более гладкая.

Задание 2

Предсказанные карманы в закрытой структуре:

Предсказанные карманы в открытой структуре:

Из данных картинок можно видеть, что fpocket плохо справился с предсказанием кармана, так как в структуре он слишком большой. Мало того, что fpocket раздробил карман на много маленьких, так он еще и предсказал не все части большого кармана. Если все же сложить объемы карманов, которые fpocket предсказал на месте реального кармана, то для открытой формы объем будет ~ 19 000 кубических ангстрем, а для закрытой - примерно 8 000. Тут все логично: карман "закрылся" и его объем стал меньше. Возможно, такое уменьшение объема помогает удерживать субстрат в кармане. Такое большое изменение объема можно объяснить тем, что в открытой конформации рядом с реальным карманом для связывания субстрата открывается несколько углублений в поверхности, не имеющих отношение с самому карману (но визуально они похожи на части кармана).

Задание 3

Остатком с самой изменяющейся при "закрытии" структуры экспонированностью является Leu-391 (в открытой форме 25, в закрытой форме 160). В открытой структуре данный лейцин окружен гидрофобными боковыми цепями, а в закрытой - торчит наружу из глобулы белка, не окруженный ничем кроме растворителя.
Открытая структура:

Закрытая структура: