Home page
Term 1
Term 2
Term 3
Term 4
About me
Faculty website

PyMOL Практикум 8

Задание 1

При выравнивании всех 10 структур я получил следующую замечательную картинку:

Здесь, естественно, ничего не понятно. Чтобы разобраться, в чем дело, я визуализировал несколько структур и понял, что в них во всех повторяется α-β-α сэндвич, но при этом состав альфа слоев сильно отличается между структурами, и это портит выравнивание, а состав центрального бета слоя более-менее совпадает. Пример структуры (1M8P):

Чтобы выравнивание стало лучше, я выровнял только бета-листы всех структур. Получил следующее:

Здесь видно, что в некоторых структурах бета-листы сильно больше, чем у других, но в целом они совпадают между структурами. Если добавить сюда альфа-спирали, то получается, что структуры накладываются друг на друга лучше, чем на первой картинке (здесь я, правда, выбросил две структуры, у которых хуже всего выравнивались бета-листы):

В итоге получается, что у всех структур укладка одинаковая (α-β-α сэндвич), но в двух структурах (4I99 и 3P26) сэндвич сильно видоизменен и занимает лишь часть структуры. Центральный бета слой у большинства структур очень похож, но у некоторых структур он больше и может сильно изгибаться. Два альфа слоя имеются во всех структурах, но имеют разное количество альфа-спиралей, распологающихся под разным углом к центральному бета-листу. Также, некоторые структуры имеют дополнительные альфа-спирали, не входящие в два слоя сэндвича.

Задание 2

На картинках видно, что у фиолетовой структуры в петле имеется короткий фрагмент альфа-спирали, а в голубой - нет. Если посмотреть на модель sticks, то становится ясно, что альфа-спирали в этом месте у голубой структуры быть не должно, потому что ориентация пептидных связей совсем ей не соответствует. К тому же, в этом месте петли присутствует пролин, который не может образовывать водородные связи по азоту, что еще раз подтверждает отсутствие альфа-спирали. Таким образом, это различие в разметке оправдано, и это не ошибка dssp.

Задание 3

Ссылка на таблицу

Из таблицы видно, что пролин и глицин заметно чаще образуют петли, чем что-то еще, глутамин предпочитает альфа-спирали, а цистеин, валин, фенилаланин и изолейцин - бета-листы.