Изображение области связывания лимонной кислоты с
ALKH_Ecoli

Условные обозначения: AA1—Аминокислотный остаток Arg 49 AA2—Аминокислотный остаток Ile 92 Ligand Citric Acid (Chain A)—лиганд:лимонная кислота при цепи A Contact area—Зона контакта Метод определения зоны контакта: В командной строке программы RasMol пишем следующее: restrict none select within (4.5, cit509) and not (*b or *c or hetero) cpk 100 select (thr47 or thr73 or arg49 or gly72 or pro94 or ser93 or phe135 or thr161 or val20 or lys133 or glu45 or ile92) and *a wireframe 30 select cit509 wireframe 50 select cit509.o3 label ___________Ligand Citric Acid (Chain A) color green select ile92:a color yellow select ile92:a.ca label ____________________AA2 select arg49:a color purple select arg49:a.ne label ____________________AA1 select pro94:a.cg label contact area set fontstroke 1 set fontsize 10

Проект генно-инженерного эксперимента:

1. Приведен список аминокислотных остатков цепи-А, контактирующих с молекулой CIT509:

   Val 20

   Glu 45

   Thr 47

   Arg 49

   Gly 72

   Thr 73

   Ile 92

   Ser 93

   Pro 94

   Lys 133

   Phe 135

   Thr 161

2. Предложена замена аминокислотного остатка белка -Arg 49 (пусть этот остаток называетчя AA1) на остаток,радикал которого короче на несколько атомов,например на Глицин или Аланин. Таким образом из-за слишком большого расстояния (больше 5,5Å) между молекулой CIT509 (лимонной кислоты цепи А) и самой цепью А не могут возникать гидрофобные связи, а тем более и водородные.Значит потеряется способность связывания цепи А с лигандом (молекулой лимонной кислоты) в этой цепи.

3. Предложена замена аминокислотного остатка белка -Ile92 (пусть этот остаток называетчя AA2) , контактирующего с молекулой СIT509, но тем не менее, предположительно, мало влияющая на способность связывания с CIT509.Этот остаток (Ile92) связан с другим (Ser93) пептидной связью,а с лигандом соединяется с помощью единственного гидрофобного взаимодействия на расстоянии 4.25Å.Остаток Ile92 может быть заменен на остаток Валин,т.к. строение их радикалов схожее (радикал изолейцина — изобутил-1 , а радикал валина — изопропил). Метиловая группа изолейцина дает единственную гидрофобную связь с молекулой-лигандом (CIT509), аналогично может вести себя и Валин при замене на изолейцин.Таким образом такая замена мало повлияет на способность связывания лиганда (CIT509) с цепью А белка "2-KETO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGLUCONATE ALDOLASE".