В качестве исследуемого белка был выбран OXYS бактерии Streptomyces rimosus subsp. rimosus ATCC 10970 (EC:1.14.13.234). Этот белок заинтересовал меня тем, что он единственный белок этой бактерии с установленн трехмерной структурой, что можно было бы использовать для более детального изучения его функций. Для поиска подходящего белка в строке расширенного поска я ввел название бактерии и ее OC, т. е. я использовал запрос taxonomy_id:1265868.
Белок OXYS - то 12-дегидротетрациклин 5-монооксигеназа/ангидротетрациклин 6-монооксигеназа (12-dehydrotetracycline 5-monooxygenase/anhydrotetracycline 6-monooxygenase), участвущая в биосинтезе антибиотиков: окситетрациклина и тетрациклина. OXYS может действовать совместно с ферментом OXYR: субстрат OXYS ангидротетрациклин гидролизируется в положении C6 с образованием 5a,11a-дегидротетрациклина. Если продукт реакции захватывается OXYR, то он восстанавливает его до тетрациклина, но в случае повторного захвата OXYS происходит дополнительное гидроксилирование в положении C5, что приводит к образованию окситетрациклина.
С помощью расширенного поиска удалось узнать, встречается ли этот фермент в других бактериях. Для этого был применен фильтр Enzyme classification (EC), а с помощью фильтра Organism (OS) был отсеян исследуемый вид бактерий. Т. е. запрос был следущим: (ec:1.14.13.234) NOT (organism_id:1265868). В выдаче получилось 9 результатов: фермент присутствует у таких родов бактерий как Actinacidiphila, Mycolicibacterium, Arthrobacter и др.
Возможно у Streptomyces rimosus subsp. rimosus ATCC 10970 есть другие ферменты, участвующие в метаболизме тетрациклина. Такие нашлись: поисковый запрос состоял из OS бактерии и ключевого слова tetracycline в поле Catalytic Activity, т. е. запрос был следующим: (organism_id:1265868) AND (cc_catalytic_activity:"CHEBI:26895"). В выдаче присутствовало 6 результатов, например L8EW81 - флавин-зависимая монооксигеназа, инактивирующая молекулу тетрациклина посредством гидроксилирования углерода в положении 11а.
Также было проверено наличие ферментов, способных метаболизировать тетрациклин, у простейших эукариот. Запрос включал в себя исследуемый таксон и ключевое слово (tetracycline): (taxonomy_id:1928008) AND (cc_catalytic_activity:"CHEBI:26895"). Результат отрицательный - таких ферментов не нашлось.