| Protein name | ID1 | ID2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating | 6PGD_ECOLI | 6PGD_BACSU | 1718.0 | 70.0% | 83.4% | 3 | 3 |
| Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha | ACCA_ECOLI | ACCA_BACSU | 814.5 | 51.1% | 66.0% | 14 | 4 |
| Acyl carrier protein | ACP_ECOLI | ACP_BACSU | 216.0 | 60.3% | 71.8% | 1 | 1 |
| Protein name | ID1 | ID2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage1 | Coverage2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6-phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating | 6PGD_ECOLI | 6PGD_BACSU | 1719.0 | 70.1% | 83.6% | 3 | 3 | 99.79% | 99.79% |
| Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha | ACCA_ECOLI | ACCA_BACSU | 823.5 | 53,8% | 69.6% | 3 | 2 | 85,27% | 69,23% |
| Acyl carrier protein | ACP_ECOLI | ACP_BACSU | 216.0 | 61.0% | 72.7% | 0 | 0 | 98.72% | 98.72% |
По резудьтатам выравнивания можно сказать, что все три белка гомологичны, т. к. в каждом из выравниваний Identity больше или значительно больше 25%. Локальное выравнивание не оказалось сильно информативнее глобального: во всех трех белках идентичность отличается крайне малов в глобальном и локальном выравнивании.
| Выравнивание | ID1 | ID2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage1 | Coverage2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Глобальное | 6PGD_ECOLI | ACCA_ECOLI | 48.0 | 14.9% | 23.8% | 273 | 23 | - | - |
| Локальное | 6PGD_ECOLI | ACCA_ECOLI | 56.5 | 21.5% | 33.1% | 105 | 16 | 48,08% | 85,27% |
Как и предполагалось, белки оказались негомологичными: гомологичные участки отсутствуют, identity меньше 25%, также simularity в обоих случаях имеет низкое значение.
Для множественного выравнивания был выбран белок с мнемоникой 6PGD. Имя белка у E. coli - 6PGD_ECLOI. Всего в UniProt нашлось 56 белков с такой мнемоникой. Для множественного выравнивания, помимо белков 6PGD_ECOLI и 6PGD_BACSU были выбраны следующие белки: 6PGD_SHEEP, 6PGD_RAT, 6PGD_HUMAN, 6PGD_TRYBB, 6PGD_HALVD. Для выполнения выравнивания я создал текстовый файл с USA исследуемых белков, с помощью программы seqret изменил формат файла с txt на fasta, применил к файлу программу muscle и импортировал файл из выдачи в JalView.
Проект JalviewПо результатам выравнивания можно сказать, что белки выравнялись хорошо и скорее всего являются гомологичными: на это указывает высокий процент идентичности значительное количество консервативных участков. Наиболее длинными из таких участков являются 186-192 (189 позиция неидентична у 6PGD_TRYBB0), 103-106 (104 позиция неидентична у 104), 132-134, 267-270 (267, 268 позиции неидентичны). Также присутствует множество более коротких консервативных участков