Практикум 2.

Задание 1.

  • А-форма ДНК
  • B-форма ДНК
  • Z-форма ДНК

    • Задание 2.

    Structure
    Рис 2. ДНК в B-форме. Красным цветом выделены атомы, обращенные к большой бороздке, синим - к малой.

    Как видно на рисунке 2, у аденина в сторону большой бороздки обращены атомы C6, C8, N6, N7; а в сторону малой C2 и N3.

    Форма Тип спирали Шаг спирали (Å) Число оснований на виток Ширина большой бороздки Ширина малой бороздки
    А-форма правая 28.0 11 16.8 (A/DC-12 - B/DT-31) 8.0 (A/DT-3 - B/DC-32)
    B-форма правая 33.8 10 17.2 (A/DT-7 - B/DC-32) 11.7 (A/DC-13 - B/DC-32)
    Z-форма левая 43,5 12 18.3 (B/DC-16 - A/DC-2) 8.7 (A/DG-7 - B/DG-19)

    Задание 3.

    С помощью программ пакета 3DNA я изучил структуру молекулы тРНК 1GTS:

  • 1GTS.pdb
    • ! remediator --old ''1GTS.pdb'' > ''1GTS_old.pdb
    find_pair -t 1GTS_old.pdb stdout | analyze

    На выходе был получен файл с водородными связями в тРНК:

    Structure
    Рис 3. Выдача программы find_pair.

    Можно заметить наличие стеблей в тРНК:

    (2-7) - (71-66)

    (49-53) - (66-61)

    (37-44) - (33-26)

    (10-12) - (25-23)

    В структуре есть неканонические пары нуклеотидов: U - G; U - U; C - A; A - A

    Водородные связи, поддерживающие третичную структуру тРНК:

    54U - 58A

    55U - 18G

    13A - 45A

    14A - 8U

    15G - 48C

    19G - 56C