Практикум 2.

Для реконструирования филогенетического дерева представителей непарнокопытных, белковыепоследовательности цитохрома B были выравниены програмой mast. Затем, дерево было реконструировано с помощью программ fastme (модели p-distance и MtREFV) и IQ-Tree:

Рис.1. Дерево, отражающее таксономию выбранных непарнокопытных.

Рис.2. Дерево, построенное по последовательностям цитохрома B программой fastme моделью p-distance.

Рис.3. Дерево, построенное по последовательностям цитохрома B программой fastme моделью MtREV.

Рис.1. Дерево, построенное программой IQ-Tree с параметрами по умолчанию.

Укоренения во всех случаях производились по таксону Hipo,orpha (Лошадиные). Все три реконструкции правильно воспроизвели взаимное расположение клад. На таксономическом дереве род Equus (Лошадиные) образует политомию, которая была разрешена в реконструкциях эволюционными моделями. Также политомия была разрешена в кладе Rhinocerotidae
Таким образом, реконструкция таксономического дерева по последовательностям цитозрома B оказалась очень точной, что может быть связано с тем, что она проводилась в внутри небольшой таксономической группе (отряд).