Практикум 2.

Для реконструирования филогенетического дерева представителей непарнокопытных, белковыепоследовательности цитохрома B были выравниены програмой mast. Затем, дерево было реконструировано с помощью программ fastme (модели p-distance и MtREFV) и IQ-Tree:

Рис.1. Дерево, отражающее таксономию выбранных непарнокопытных.

Рис.2. Дерево, построенное по последовательностям цитохрома B программой fastme моделью p-distance.

Рис.3. Дерево, построенное по последовательностям цитохрома B программой fastme моделью MtREV.

Рис.1. Дерево, построенное программой IQ-Tree с параметрами по умолчанию.

Исходное дерево видов имеет две политомии (внутри (HORSE,EQUGR,EQUAS) и ((RHISO,RHIUN),DICBI,DICSU,CERSI))). Используемые эволюционные модели строят только бинарные деревья, поэтому реконструированные деревья получились разрешенными. Тем не менее в узле Equidae (HORSE,EQUGR,EQUAS) ветви получились значительно короче, что говорит о действитально малом различии в последовательностях цитохрома B в пределах Equidae.

Топологически, все три реконструкции получились практически идентичными и правильно воспроизводят взаимное расположение клад, что, возможно, связано с тем, что реконструкция проводилась в внутри небольшой таксономической группы (отряд). Укоренение производилось в среднюю точку.