Альфа-спираль номер 3

Внешний вид и расположение спирали

Для исследования была выбрана альфа-спираль helix3: Ser.99 – Ala.113
Среднее значение торсионных углов: Phi равно -65,5; Psi равно -26,4
Максимальное значение торсионных углов: Phi равно -55,4; Psi равно -18,4
Минимальное значение торсионных углов: Phi равно -70,1; Psi равно -51,5

Водородные связи между остовными
атомами элемента вторичной структуры

Между остовными атомами наблюдается 11 водородных связей. Водородные связи образуются между атомом водорода, ковалентно связанным с атомом N группы N-H и электроотрицательным атомом кислорода. Водородные связи стабилизируют элементы вторичной структуры. Их образуют:

Ala113.N - Ala109.O

Glu112.N – Lys108.O

Glu111.N – Lys107.O

Leu110.N – Leu106.O

Ala109.N – Ala105.O

Lys108.N – Glu104.O

Lys107.N – Ala103.O

Leu106.N – Asp102.O

Ala105.N – Asp101.O

Glu104.N – Lys100.O

Ala103.N – Ser99.O

Водородная связь между азотом Glu111 и кислородом Lys107
(Внутри альфа-спирали)

Контакты альфа-спирали 99-113 с остальной частью белка из записи PDB 1CTF.

Имя атома остатка спирали	Имя контактирующего атома	Расстояние в A	Предположительная природа контакта
Leu106.CD	Val56.CB	3.93	Гидрофобное взаимодействие
Leu110.O	Ala115.N	3.00	Водородная связь
Ala103.CB	Val119.CG1	4.02	Гидрофобное взаимодействие
Leu110.O	Gly114.N	3.02	Водородная связь

Последнее взаимодействие можно посчитать неграмотно подмеченным, поскольку атом азота GLY114 - это пратически атом спирали, но, к сожалению, других, предположительно водородных, взаимодействий нет. Для выполнения данного задания по поиску водородных связей была написана команда "restrict *** or within(3.7, ***) and not helix3 and not water", где вместо *** подставлялось название аминокислоты из данной спирали. Таким образом были проверены все аминокислоты, но водородных связей нашлось немного. Например, если так считать, то атом кислотрода Val98 так же "практически" атом спирали, и тогда вместо последнего взаимодействия можно привести связь: Val98.0-Phe54.N: 2.61

Атомы спирали helix3 (отмечена синим цветом) и атомы белка, находящиеся на расстоянии не более 5.4 А от неё

На главную