Множественные выравнивания

  1. Выбранные гомологичные последовательности

  2. Выравнивание с помощью программы emma

  3. Выравнивание с помощью программы muscle

  4. Матрица попарного совпадения последовательностей, получена на основе множественного выравнивания с помощью программы emma

  5. Сравнение 2-х множественных выравниваний

    6. Розовым цветом выделены последовательности, выравненные с помощью программы emma, зелёным - с помощью программы muscle.
    Консервативные на 70% остатки выделены голубым цветом, и их число составляет 44 остатка.
    Консервативные на 100% остатки выделены красным цветом, и их число составляет 28 остатков.
    Видно, что обе программы находят одинаковые консервативные участки (32-34, 80-82, 90-96), отлично лишь их положение во всей цепи. Сдвиг наблюдается после 36-го остатка за счёт дополнительного гэпа, поставленного muscle, за счёт которого muscle находит консервативную на 80% позицию, которую не находит emma. После 60 позиции выравнивания также совпадают, с точностью до одной, сдвинутой, позиции. Таким образом, выравнивание программы muscle предпочтительнее.

  6. Сравнение оптимального попарного выравнивания последовательностей RK12_EUGGR и RL7_BLOPB с их попарным выравниванием, порожденным множественным выравниванием

    7. Выбрав две самые отличные последовательности, сравним их попарное выравнивание, полученное с помощью программы needle (отмечено жёлтым цветом), с их попарным выравниванием из множественных выравниваний muscle (зелёным цветом) и emma (розовым цветом). При сравнении заметно, все три выравнивания до 33 позиции абсолюттно совпадают. Затем в 34 позиции needle ставит гэп у RL7_BLOPB, чтобы выравнить 36, 39 и 47 позиции, которые не выравнивает emma, а muscle по-другому расставляет гэпы, находя консервативными 41,42 и 50 позиции. "Сдвиг" выравнивания muscle на одну позицию относительно emma, а соответственно, относительно выравнивания needle, как и в предыдущем пункте, сохраняется. После 55 позиции выравнивания needle и emma совпадают абсолютно, поэтому выравнивание emma лучше с точки зрения расстановки гэпов, а выравнивание muscle лучше с точки зрения нахождения консервативных колонок.

  7. Программа infoalign

    8. Программа infoalign выдаёт информацию о следующих параметрах данного ей выравнивания (в качестве примера было взято выравнивание muscle), при этом сравнение ведётся относительно среднего для всех заданных последовательностей:

    • длина последовательностей
    • длина выравненной последовательности
    • количество и длина гэпов
    • количество идентичных и похожих колонок
    • количество отличающихся колонок
    • процент отличий
    • вес и описание

    Выходной файл программы выглядит так.

Назад

На главную

©Степанова Вита