Программы пакета BLAST

Работа с программой getorf пакета EMBOSS

С помощью команды getorf был получен набор трансляций всех открытых рамок данной последовательности длиной более 30 нуклеотидов, считая открытой рамкой последовательность триплетов, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-кодоном, при использовании бактериального кода.
Для этого была запущена программа:
getorf -table 11 -minsize 30 -find 1
Input nucleotide sequence(s): embl:d89965
В приведённом файле пятая рамка соответствует приведённой в записи CDS , а 13 рамка соответствует записи Swiss-Prot, на которую ссылается данная запись EMBL.

На главную