Краткое описание белка

Аминокислотная последовательность белка в формате FASTA:

>AAN67560.1 putative Aminomethyltransferase
MNTNDMRKTPEGYFTSRWGQPEYTDWIDESMSWKQTCSLGDWSFLWERKFKGPDALRL
FSDTSVNSFQKFDILQSKHVTHTTSNGKVIAEGILTRLAEDEFLLFGRGTFWVDYVRR
NGNYNVVSEAQDGFNFQVAGPTALPLMEQVSGQSLRDVKFMHSAEIEIAGCRMLALRQ
GMSGEIGFELQGPKADAAKVYEAIVSAGREYGLRRLGGRAVFINHLEACFPTIVTDYM
PAIFDPEMAGYLKEFRAGMPSFASTFNVAGSFESNKVSDWYRSPVELGWAKTIKFDHD
FIGRAALEKEVAEPRRVMRTLVWNGDDVADVHASLFQKDQPPYQFMEMPRDQRGFMYA
DRVLRNGQDVGVTTSRGYSVYFREMLSLCTIDVEHADIGNEVTVIWGEPGSRQKAIRA
KVAAAPYKQDNRRADLTSV

Основные сведения о белке:

Геномное окружение изучаемого белка

Рисунок 1. Геномное окружение гена белка предполагаемой аминометилтрансферазы(AAN67560.1). Изучаемый ген выделен, отображены шкалы его нуклеотидов и аминокислот. Изображение получено с помощью геномного браузера NCBI.

Аминометилтрансфераза входит в состав глициндекарбоксилазного комплекса, катализирует перенос метиленовой группы с декарбоксилированного остатка глицина (-метиленамина) на тетрагидрофолат.

Предполагаемая аминометилтрансфераза кодируется геном PP_1944 (прямая цепь, рамка считывания +3).

Слева от этого гена на прямой цепи в той же рамке считывния (+3) расположен ген purU-III формилтетрагидрофолатдеформилазы длиной 861bp с нетривиальным старт-кодоном GTG (кодон GUG его мРНК воспринимается рибосмой как стартовый кодон и соответствует метионину).

Ещё левее уже на коплементарной (обратной) цепи в той же рамке считывания (-2) расположен ген PP_1942 фактора регуляции транскрипциии семейства LysR длиной 963bp (с классическим старт-кодоном ATG).

Справа от гена PP_1944 на прямой цепи в рамке считывания, смещённой на -1 нуклеотид по прямой цепи, (рамка считывания +2) расположен ген folD-I метилентетрагидрофолатдегидрогеназы / метилентетрагидрофолатциклогидролазы длиной 876bp (с классическим старт-кодоном ATG).

Правее него на прямой цепи в рамке считывания, совпадающей с рамкой считывания гена PP_1944, (рамка считывания +3)расположен ген PP_1946 оксидоредуктазы, короткой цепи семейства дегидрогеназ/редуктаз длиной 789bp (с классическим старт-кодоном ATG).

Помимо этого на прямой цепи и, судя по расположению стоп-кодона и нетривиального старт-кодона GTG, в рамке считывания (+3) в координатах 2,162,328..2,227,855 "параллельно" многим другим генам расположен большой псевдоген tmk тимидилат киназы длиной 65528bp (т. е. он фактически накладывается на другие гены, в том числе и на PP_1944). Это псевдоген не транскприбируется, обнаружен по сильной гомологии с работающим геном соответствующего фермента других бактерий. Видимо, этот ген перешёл в нефункционирующее состояние и затем его участки эволюционировали в отдельные гены (гены этого участка,которые сейчас располагаются в той же рамке считывания, что и tmk).