Параметры водородных связей остова
| Параметры водордных связей между остовными атоматми во вторичной структуре |
| # | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-O-C (°) |
| α-спирали |
| 1 | N(LEU125:L)-O(SER121:L) | 3.11 | 154.4 |
| 2 | N(SER127:L)-O(GLU123:L) | 3.61 | 147.3 |
| 3 | N(GLU187:L)-O(LYS183:L) | 2.88 | 164.0 |
| 4 | N(LYS61:A)-O(PRO57:A) | 3.08 | 145.2 |
| 5 | N(ILE63:A)-O(VAL59:A) | 3.11 | 161.6 |
| β-тяжи |
| 1 | N(ILE41:A)-O(LYS27:A) | 2.93 | 157.2 |
| 2 | N(LYS27:A)-O(ILE41:A) | 2.87 | 147.7 |
| 3 | N(LEU11:L)-O(LYS103:L) | 2.93 | 165.0 |
| 4 | N(ALA13:L)-O(GLU105:L) | 3.02 | 155.0 |
| 5 | N(PHE128:H)-O(LEU147:H) | 2.84 | 156.0 |
Комментарий:
|
Среднее расстояние N-O в α-спиралях: 3.16 Å
|
|
Среднее расстояние N-O в β-листах: 2.92 Å
|
|
Средний угол N-O-C в α-спиралях: 154.5°
|
|
Средний угол N-O-C в β-листах: 156.2°
|
В случае "идеальной" водородной связи атомы N-H--O принадлежат одной прямой,
при этом длина водородной связи H--O может колебаться от 1.6 Å
до 2.0 Å[1],
длина связи N-H в пептидной группе
1.0 Å[2],
то есть
расстояние N-O в этом случае около 3 Å, угол N-O-C равен 120°
вследствие того, что кислород находится в sp2-гибридизации.
При значениях угла N-H-O менее 150° водородная связь не образуется.
Cреднее расстояние N-O в β-листах подходит под параметры идеальной связи,
среднее расстояние N-O в α-спиралях немного больше идеального. Однако,
несмотря на хорошие расстояния, и в β-листах, и в α-спиралях
углы N-O-C в среднем примерно на 35° больше идеальных. Хотя по этим углам
невозможно точно оценить углы N-H-O, ибо пептидные группы образующие связь
могут лежать в разных плоскостях, можно утверждать, что углы водородных
связей (углы N-H-O) далеки от идеальных 180°.
|