|
Характеристики списка находок
Поиск гомологов белка ID AAN67560.1 в банке Swiss-Prot,
длина якорного слова 6 (по умолчанию):
| Всего находок | 50 |
| Находок с E-value < 1e-03 | 41 |
| Минимальное E-value находок | 2e-19 |
| Максимальное E-value находок | 7.9 |
| Лимит списка находок | Порог на E-value |
|
Изменение длины слова
Поиск гомологов белка ID AAN67560.1 в банке Swiss-Prot,
длина якорного слова 2:
| Всего находок | 190 |
| Находок с E-value < 1e-03 | 126 |
| Минимальное E-value находок | 2e-19 |
| Максимальное E-value находок | 9.7 |
Выбранная находка:
| UniProt AC | P49364 |
| Название | Aminomethyltransferase, mitochondrial |
| Таксономия организма | Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Embryophyta; Tracheophyta; Spermatophyta; Magnoliophyta; eudicotyledons; Gunneridae; Pentapetalae; rosids; fabids; Fabales; Fabaceae; Papilionoideae; Fabeae; Pisum |
| E-value находки при поиске по всему банку Swiss-Prot | 1e-05 |
|
Изменение объёма поиска
|
При поиске гомологов белка ID AAN67560.1 в банке Swiss-Prot
по таксону Viridiplantae E-value находки UniProt AC P49364
составило 1e-06, что в 10 раз меньше, чем при поиске по всему банку.
По теореме Карлина-Альтшуля E-value пропорционально суммарной
длине всех последовательностей, по которым ведётся поиск (L(bank)):
|
|
E-value = L(bank) * L(query) * 2- Bit-score.
|
|
Если предположить,
что средняя длина всех последовательностей банка примерно равна средней
длине последовательностей банка по таксону Viridiplantae, то можно утверждать,
что примерно 10% последовательностей в банке Swiss-Prot принадлежат
таксону Viridiplantae.
|
Вес (как обычный, так и в битах) выравнивания зависит только от схожести
выравниваемых последовательностей и параметров выравнивания: матрицы весов
аминокислотных замен и штрафов за гэпы, - поэтому он не может изменяться при
изменении объёма поиска гомологичных последовательностей.
|
Плохая матрица
Поиск гомологов белка ID AAN67560.1 в банке Swiss-Prot,
длина якорного слова 2, используется устаревшая матрица
весов аминокислотных замен PAM250:
| Всего находок | 95 |
| Находок с E-value < 1e-03 | 32 |
| Минимальное E-value находок | 8e-09 |
| Максимальное E-value находок | 9.8 |
| Комментарий |
Значительно увеличилось минимальное E-value (примерно в 1e10 раз), количество
находок сократилось примерно вдвое. Например, для находки с наибольшим
покрытием среди находок с наибольшим весом (> 50 битов) - UniProt AC Q1INT8 -
E-value увеличилось с 4e-15 до 1e-06.
Также заметно уменьшилось среднее покрытие запроса
в выравниваниях (от примерно 80% до примерно 40%).
Можно сделать вывод, что
большинство гомологов не было найдено.
|
|
|
|