UniProt

Банк последовательностей UniProt

Информация о белке

UniProt ID	MDH_HALMA
UniProt AC	Q07841; Q5UZ29
RefSeq ID	WP_004959949.1
PDB ID	1D3A 1HLP 1O6Z 2HLP 2J5K 2J5Q 2J5R 2X0R 4JCO
Длина цепи	304 ао
Молекулярная масса	32808 Да
Рекоммендуемое UniProt название	Malate dehydrogenase

Комментарий:

Белок выделен из археи Haloarcula marismortui, относящейся к Галобактериям, обитающей в в Мёртвом море. Белок - малатдегидрогеназа, находится в цитоплазме, является одним из ферментом цикла Кребса, катализирует обратимое окисление малата до оксалоацетата с переносом 2 е^- и 1 H⁺ на NAD⁺:

(S)-malate + NAD⁺ ↔ oxaloacetate + NADH

Для белка описана структура, модели опубликованы на сайте RCSB PDB. Глобулярный белок, является гомотетрамером, структурно - димером димеров. Четвертичная структура поддерживается хлорид-анионами, что связано с галофильным образом жизни археи. Полную структуру с 4 цепями можно посмотреть по PDB ID 2J5K, 2J5Q, 2J5R, 4JCO.

Описание кластеров UniRef для малат дегидрогеназы

Кластер UniRef50:

Cluster ID	UniRef50_Q07841
Количество белков	Общее	150
	Swiss-Prot	5
	TrEMBL	117
	UniParc	28

Кластер UniRef90:

Cluster ID	UniRef90_Q07841
Количество белков	Общее	19
	Swiss-Prot	1
	TrEMBL	13
	UniParc	5

Кластер UniRef100:

Cluster ID	UniRef100_Q07841
Количество белков	Общее	4
	Swiss-Prot	1
	TrEMBL	2
	UniParc	1

Поиск белков в UniProt

Поиск по рекомендованному названию малатдегидрогеназы среди всех организмов:

Текст запроса	name:"malate dehydrogenase"
Количество белков	Общее	46823
	Swiss-Prot	807
Комментарий	Для эукариот описаны цитоплазматические, пероксисомальные, митохондриальные и хлоропластные малатдегидрогеназы.

Поиск по рекомендованному названию среди белков самой археи:

Текст запроса	name:"malate dehydrogenase" organism:"haloarcula marismortui strain atcc 43049 dsm 3752 jcm 8966 vkm b 1809"
Количество белков	Общее	2
	Swiss-Prot	1
Комментарий	Второй фермент, NAD-dependent malate dehydrogenase, UniProt AC Q5V1F0, значительно отличается от исследуемого белка: не кластеризуется с ним в UniRef50, имеет длину 750 ао.

Поиск по рекомендованному названию среди белков архей семейства Haloarculaceae:

Текст запроса	name:"malate dehydrogenase" taxonomy:haloarculaceae
Количество белков	Общее	33
	Swiss-Prot	2
Комментарий	-

Поиск по рекомендованному названию среди белков архей отдела Euryarchaeota:

Текст запроса	name:"malate dehydrogenase" taxonomy:euryarchaeota
Количество белков	Общее	819
	Swiss-Prot	20
Комментарий	Помимо малатдегидрогеназ находится также фермент 3-isopropylmalate/3-methylmalate dehydrogenase из археи Methanocaldococcus jannaschii, UniProt AC Q58130. Этот фермент выполняет другие функции - является декарбоксилазой: в частности, при реакции с D-малатом он восстанавливает NAD⁺ и переводит малат в пируват и CO₂.

Поиск гомеобоксных белков:

По всем организмам

Текст запроса	name:homeobox
Количество белков	Общее	44012
	Swiss-Prot	1396
Комментарий	Большая часть белков из раздела Reviewed принадлежат модельным объектам из Позвоночных (Homo sapiens, Mus musculus, Gallus gallus, Danio rerio, Rattus norvegicus, Xenopus laevis), также часто встречаются белки из Цветкового растения Arabidopsis thaliana, реже встречаются блеки нематоды Caenorhabditis elegans и мухи Drosophila melanogaster.

Среди Viridiplantae

Текст запроса	name:homeobox taxonomy:viridiplantae
Количество белков	Общее	7363
	Swiss-Prot	225
Комментарий	Больше всего белков описано у Arabidopsis thaliana и Oryza sativa (Цветковые), около 70% описанных белков принадлежат Цветковым растениям.

Среди Ciliophora

Текст запроса	name:homeobox taxonomy:ciliophora
Количество белков	Общее	2
	Swiss-Prot	0
Комментарий	Описано по 1 белку из 2 инфузорий, филогенетически разделяющихся на уровене подотдела. 1 белок описан как предполагаемый (putative). Такая низкая распостранённость скорее всего связана с недостатчной изученностью группы, так как гомеобоксный домен является консервативным среди эукриот^[1] и, соответсвенно, не мог дважды независимо возникнуть у инфузорий.

Среди Phaeophyceae

Поиск по запросу "name:homeobox AND taxonomy:Phaeophyceae" не выдаёт результатов. Гомеобокс-содержащие белки, будучи факторами транскрипции, используются для контоля развития (гомеозисная функция) многими многоклеточными организмами^[1]: Metazoa, Viridiplantae, Fungi, - и присутствуют также у одноклеточных (Ciliophora). Маловероятно, что они, действительно, отсутствуют у Phaeophycae, некоторые из которых имеют даже побеговую организацию. Отсутствие записей, скорее всего, связана с недостаточной изученностью группы.

Поиск трипсина:

По названию "трипсин"

Текст запроса	name:trypsin
Количество белков	Общее	18951
Количество белков	Swiss-Prot	311

По названию "ингибитор трипсина"

Текст запроса	name:"trypsin inhibitor"
Количество белков	Общее	3754
Количество белков	Swiss-Prot	198

Таким образом, поиск по названию "трипсин" выыдаёт 3754 записи, относящихся к ингибитору трипсина.

Представление особенностей структуры белков

Нестандартные аминокислоты:

Нестандартные аминокислоты представлены в поле FT с Feature Key "NON_STD", двойным указанием положения в цепи и указанием самого аминокислотного остатка. В последовательности селеноцистеин обозначается кодом U, а пирролизин - кодом O.

Пример для селеноцистеина из белка UniProt AC P24183:

FT   NON_STD     196    196       Selenocysteine.

Дисульфидные мостики:

Дисульфидные мостики представлены в поле FT с Feature Key "DISULFID" и указанием положения образующих мостик остатков, если эти остатки из разных цепей, добавляется указание "Interchain", а также уточняются названия цепей, они различаются по структуре.

Пример из белка UniProt AC P11140:

FT   DISULFID    247    269       Interchain (between A and B chains).
FT   DISULFID    286    305
FT   DISULFID    329    346
FT   DISULFID    417    430
FT   DISULFID    456    473

Ссылки:

[1] https://en.wikipedia.org/wiki/Homeobox

Главная страница

2018