Нуклеотидные банки

Банки нуклеотидных последовательностей

Характеристика сборки генома Ciona intestinalis

Систематическое положение:^[1]

Eukaryota
Metazoa
Bilateria
Chordata
Olfactores
Tunicata
Ascidiacea
Enterogona
Phlebobranchia
Cionidae
C. intestinalis (Vase tunicate; русское название не используется)

Описание организма:^[1]

Одиночная асцидия с телом до 20 см, покрытым мягкой туникой. Имеет широкое распостранение и часто является инвазивным видом. По сути под этим названием описаны несколько родственных видов.
C. intestinales является модельным организмом среди Tunicata, была одним из первых животных с секвенированным геномом. Используется для изучения биологии развития Tunicata и эволюции Chordata.

Ciona intestinalis на разных стадиях развития:^[2]

Информация о сборке генома:

Название	KH
RefSeq AC	GCF_000224145.3
Уровень сборки	Chromosome
Общая длина последовательности	115227301 bp
Число контигов	6381
N50 контигов	37096 bp
L50 контигов	875
Число скэффолдов	1280
N50 скэффолдов	3102162 bp
L50 скэффолдов	12
Число аннотированных белков	21099
Состав генома	14 линейных хромосом и 1 кольцевая мтДНК
Проект BioProject	PRJDA65419
Последовательность одного контига из сборки	Контиг 7

Комментарий: В NCBI Genome для вида C. intestinales находятся 2 сборки генома, вторая имеет уровень сборки Scaffold.
В записи BioProject, относящейся к данной сборке, находятся ссылки на 4 публикации, 2 из которых относятся к созданию сборки: Gissi et al. (2004) - секвенирование и сборка митогенома, Satou et al. (2008) - получение описываемой версии сборки генома.
Запись Whole Genome Shotgun найдена на странице выбранной сборки в поле WGS Project, список контигов находится в записи по ссылке в поле WGS.

CDS прокариотического вируса

Поиск полных геномов Myoviridae длиной 20-30 kbp:

Поиск производился в NCBI Nucleotide. В окне Nucleotide Advanced Search Builder с помощью билдера был построен запрос:
((Myoviridae[Organism]) AND 20000:30000[Sequence Length]) AND complete genome[Text Word]
По этому запросу найдено 7 записей в GenBank и 5 записей в RefSeq (отображается в поле Source databases).

Информация о геноме Salmonella phage SEN1:

AC	KT630644
Название вируса	Salmonella phage SEN1
TaxID	1647455
Тип генома^[3]	dsDNA (I класс по Балтимору), кольцевая молекула
Хозяин вируса	Бактерия рода Salmonella
Последовательности, кодирующие белки	CDS

Комментарий: для скачивания CDS на странице записи полного генома жмётся кнопка Send to:, ставится флажок Coding sequence в окне Formate FASTA Nucleotide; поскольку файл скачивается только в формате txt, пришлось переводить его в fasta.

Ключи используемые в Feature table

Ключ centromere обозначает участок последовательности экспериментально определённый как центромера - участок хромосомы, на котором собирается кинетохор и остаётся после профазы когезиновый комплекс, удерживающий сестринские хромосомы.
Пример из записи полной последовательности центромерного мобильного элемента подсолнуха Helianthus annuus (GenBank AC LC075745); знаки в поле Location/Qualifiers означают, что центромерный участок начинается и заканчивается за пределами последовательности данной записи:
```
centromere      <1..>4149
```
Ключ D-loop обозначает участок последовательности с D-петлёй (displacement loop) - структуру, характерная для мтДНК и эукариотических теломер, в которой одна из цепей двуцепочечной ДНК вытесняется третьей одиночной цепью и образует несвязанную одноцепочечную петлю.
Пример из записи полной последовательности мтДНК паразитиформного клеща Metaseiulus occidentalis (GenBank AC EF221760):
```
D-loop          9577..9887
                /note="control region"
```
Ключ transit_peptide обозначает участок последовательности, кодирующий транзитный пептид - N-концевую последовательность белка, обеспечивающую его транспорт через внешнюю и внутреннюю мембраны митохондрии или пластиды и отрезающуюся в матриксе соответствующей эндосимбиотической органеллы.
Пример из записи последовательности мРНК митоходриального фермента NAD-малат дегидрогеназы табака Nicotiana tabacum (GenBank AC AJ006974):
```
transit_peptide 13..287
```
Ключ mobile_element обозначает участок последовательности, содержащий мобильный элемент.
Пример из записи полной последовательности F-плазмиды бактерии Escherichia coli штамма K12 (GenBank AC AP001918); интересно, что в широком понимании термин "мобильный элемент" включает в себя так же и сами переносимые плазмиды, но ключ mobile_element, естественно, их не описывает:
```
mobile_element  1..1258
                /mobile_element_type="insertion sequence:IS3a"
```
Ключ oriT обозначает участок последовательности кон'югационной плазмиды бактерии, в котором релаксосома делает разрыв во время кон'югации для переноса одноцепочечной копии плазмиды в клетку бактерии- или эукариота-реципиента.
Пример из записи последовательности Ti-плазмиды pTiBo542 клубеньковой бактерии Agrobacterium tumefaciens (RefSeq AC NC_010929):
```
oriT            213650..213663
                /note="origin of transfer"
```
Ключ rep_origin обозначает участок последовательности, на котором происходит начало репликации нуклеоида, хромосомы или плазмиды.
Пример из записи последовательности полного генома галобактерии Haloquadratum walsbyi штамма C23 (GenBank AC FR746099):
```
rep_origin      49..303
                /note="repeat-bounded region indicating the replication
                origin"
```
Ключ tmRNA обозначает участок последовательности, кодирующей транспортно-матричную РНК, особую РНК бактерий (имеющуюся также в митохондриях якобид и оомицетов и часто встречающуюся в пластидах), позволяющую освободить рибосому, застрявшую на мРНК с утраченным стоп-кодоном, и продолжить трансляцию белка со своей собственной последовательности, кодирующий пептидный сигнал к деградации полученного белка.
Пример из записи полной последовательности мтДНК якобиды Jakoba libera штамма ATCC 50422 (GenBank AC KC353355):
```
tmRNA           complement(67265..67390)
                /gene="ssrA"
```

Ссылки

Главная страница

2019