Карта референсного пути биосинтеза флавонов и флавонолов (map00944):

Это путь синтеза вторичных метаболитов покрытосеменных растений (Angiospermae). Путь состоит из двух независимых ветвей, берущих начало соответственно от апигенина и кемпферола — флавонолов, приходящих из пути биосинтеза флавоноидов (map00941).

Фрагмент карты, содержащий реакцию окисления кверцетина в мирицетин:

Схема реакции окисления кверцетина в мирицетин:

C00389 обозначает кверцетин, C10107 обозначает мирицетин, С03024 обозначает восстановленный NADPH:hemoprotein oxidoreductase (фермент EC 1.6.2.4), C03161 обозначает окисленный NADPH:hemoprotein oxidoreductase.
В ходе данной реакции, катализируемой монооксигеназой, молекула кислорода восстанавливается до воды и 5'-OH группы мирицетина, окисляя восстановленную форму фермента NADPH:гемопротеин оксидоредуктазы и кверцетин.

Реакцию катализирует фермент флавоноид 3',5'-гидроксилаза (систематическое наименование: flavanone,[reduced NADPH:hemoprotein reductase]:oxygen oxidoreductase (3',5'-dihydroxylating), EC 1.14.14.81)

Расшифровка функциональной классификации фермента EC 1.14.14.81:
1. — оксидоредуктазы, ферменты, катализирующие редокс реакции;
1.14. — монооксигеназы, используют пару донорных веществ для инкорпорации или восстановления молекулярного кислорода;
1.14.14. — используют флавин или флавопротеин в качестве одного из доноров электронов, инкорпорируют кислород в другой донор электронов;
1.14.14.81 — флавоноид 3',5'-гидроксилаза, гидроксилирует флаваноны в 3'-положение и 3'-гидроксифлаваноны — в 5'-положение.

По данным KEGG путь биосинтеза флавонов и флавонолов имеется только у Angiospermae; были отображены ферменты этого пути у представителей 2 наиболее базальных ветвей Angiospermae: Amborella trichopoda (order Amborellales) и Nymphaea colorata (order Nymphaeales):

Amborella trichopoda	Nymphaea colorata

Ни одно покрытосеменное из базы KEGG не имеет полный набор 26 реакций пути, но всегда имеется от 2 до 15 реакций, наиболее консервативными из которых являются обычно реакции окисления апигенина до лютеолина и окисления кемпферола до кверцетина.

У Amborella trichopoda обнаружено 17106 белок-кодирующих генов, в KEGG для это организма определён 131 метаболический путь.

Написан скрипт, позволяющий запрашивать у KEGG API номера референсных путей, общих для нескольких организмов.

Скрипт был использован для определения метаболических путей, общих для Amborella trichopoda и Nymphaea colorata:

Команда запуска скрипта:

python common_pathway_finder.py atr ncol

map00531
map00920
map00564
map00520
map00941
map00400
map03022
map00760
map00563
map00900
map00310
map03430
map04712
map01240
map00330
map04146
map00261
map00340
map00960
map00510
map03018
map03420
map00640
map00591
map00905
map00062
map00740
map00430
map03440
map00500
map02010
map00604
map01230
map03030
map00010
map00073
map04144
map00970
map00903
map03015
map00040
map00908
map00770
map03020
map00670
map01210
map00950
map00360
map03410
map01200
map00220
map04141
map04145
map03050
map00061
map00511
map00130
map03008
map03013
map04075
map03060
map00630
map00514
map04130
map00232
map00590
map04070
map00250
map00601
map00909
map03010
map00565
map00190
map00071
map00562
map00940
map04122
map00100
map00270
map00730
map01100
map00790
map00966
map00440
map00240
map00260
map00410
map00710
map00480
map00561
map00945
map00380
map00280
map00600
map00053
map01040
map00196
map00904
map00944
map00603
map00620
map03040
map00660
map00906
map00051
map00785
map04120
map00230
map00860
map00998
map00965
map00020
map00350
map00450
map04016
map00750
map00052
map00300
map00513
map01110
map04136
map00650
map00195
map00910
map00780
map00030
map03450
map00592
map00460
map00290
map01212

Number of common pathways: 131