Ниже по ссылкам доступны последовательности ДНК, сгенерированные fiber, в формате PDB.
Таблица ниже - сравнительная для трёх форм ДНК:
| А-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28,30 | 33,75 | 43,50 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 16,81 ([DT]11:A.P - [DC]32:B.P ) | 17,21 ([DG]33:B.P - [DG]5:A.P) | 7,2 ([DG]11:A.P - [DG]33:B.P) |
| Ширина малой бороздки (Å) | 7,98 ([DT]11:A.P - [DC]24:B.P) | 11,69 ([DG]33:B.P - [DC]12:A.P) | -* |
*В соответствии с определением ширины бороздки в подсказках у малой бороздки Z-формы нет ширины (нет локального минимума для расстояний между фосфатами). Нестрого - ширина около 16 ангстрем.
Ниже в таблице приведены координаты найденных стеблей:
| номер стебля | координаты первого участка | координаты спаренного с ним участка |
|---|---|---|
| 1 | 1 - 7 | 72 - 66 |
| 2 | 49 - 53 | 61 - 65 |
| 3 | 40 - 44 | 26 - 30 |
| 4 | 10 - 13 | 22 - 25 |
Также в структуре присутствуют следующие неканонические пары:
....>A:...4_:[..G]G-**--U[..U]:..69_:A<....
....>A:..54_:[5MU]t-**--A[..A]:..58_:A<....
....>A:..36_:[..A]A-**--U[..U]:..33_:A<....
....>A:..38_:[..A]A-**--C[..C]:..32_:A<....
....>A:..44_:[..A]A-**--G[..G]:..26_:A<....
....>A:..14_:[..A]A-**--U[..U]:...8_:A<....
....>A:..15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48_:A<....
Тут следует отметить, что несмотря на каноничность на вид некоторых из этих пар, на деле они не являются Уотсон-Криковскими, т.к. основания в них связаны неклассическими водородными связями.
Список ниже содержит пары оснований, связанных водородными связями, но не входящие в стебли:
....>A:..19_:[..G]G-----C[..C]:..56_:A<....
....>A:..15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48_:A<....
....>A:..14_:[..A]A-**--U[..U]:...8_:A<....
....>A:..54_:[5MU]t-**--A[..A]:..58_:A<....
....>A:..36_:[..A]A-**--U[..U]:..33_:A<....
....>A:..38_:[..A]A-**--C[..C]:..32_:A<....