Практикум 1.

Дерево бактерий.

Для построения дерева я выбрал 8 бактерий из предложенного списка. Расшифровки их мнемонических названий (которые используются в графическом изображении дерева) приведены в таблице ниже:

Таблица1. Расшифровка мнемонических названий.
мнемоническое название латинское название
ACIC1 Acidothermus cellulolyticus
ARTS2 Arthrobacter sp.
CORDI Corynebacterium diphtheriae
COREF Corynebacterium efficiens
MYCTU Mycobacterium tuberculosis
RUBXD Rubrobacter xylanophilus
STRAW Streptomyces avermitilis
THEFY Thermobifida fusca

Скобочная формула, которую я использовал для построения дерева в iTol: (RUBXD,((MYCTU,(CORDI,COREF)),(ARTS2,(ACIC1,(STRAW,THEFY)))));

А на рисунке ниже изображено получившееся дерево:

tree
Рисунок 1. Дерево, построенное iTol по скобочной формуле.

Ниже списком приведены все разбиения дерева на нетривиальные ветви:

1) {STRAW, THEFY} vs {ACIC1, ARTS2, COREF, CORDI, MYCTU, RUBXD}

2) {STRAW, THEFY, ACIC1} vs {ARTS2, COREF, CORDI, MYCTU, RUBXD}

3) {STRAW, THEFY, ACIC1, ARTS2} vs {COREF, CORDI, MYCTU, RUBXD}

4) {COREF, CORDI} vs {ACIC1, ARTS2, MYCTU, RUBXD,STRAW, THEFY} Отделяет род Corynebacterium

5) {{COREF, CORDI, MYCTU} vs {ACIC1, ARTS2, RUBXD,STRAW, THEFY} Отделяет группу Mycobacteriales

В таблице2 приведён полный список таксонов для каждой бактерии:

Таблица2. Список таксоновдля каждой бактерии. Как видно, младший общий таксон для всех бактерий - Actinomycetota.
мнемоническое название список таксонов из NCBI Taxonomy
ACIC1 cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Acidothermales; Acidothermaceae; Acidothermus
ARTS2 cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Micrococcales; Micrococcaceae; Arthrobacter; unclassified Arthrobacter
CORDI cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Corynebacteriaceae; Corynebacterium
COREF cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Corynebacteriaceae; Corynebacterium
MYCTU cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Mycobacteriaceae; Mycobacterium; Mycobacterium tuberculosis complex
RUBXD cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Rubrobacteria; Rubrobacterales; Rubrobacteraceae; Rubrobacter
STRAW cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Kitasatosporales; Streptomycetaceae; Streptomyces
THEFY cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Streptosporangiales; Nocardiopsaceae; Thermobifida