Получив файл с идентификаторами генов, я на него посмотрел. Первое, что бросается в глаза - наличие 6 идентификаторов, начинающихся с ACP. Это всё - различные фосфотазы (ферменты, гидролизующие сложноэфирную связь с отщеплением фосфата от субстрата). Стало интересно, не включены ли остальные белки в какой-нибудь метаболический путь и вообще, как они связаны между собой. Чтобы это узнать, я решил воспользоваться средствами базы данных String.
Загрузив туда свой список, я получил следующую картинку:
Сразу бросается в глаза сходство графа с сатанинским сигилом - официальным символом Церкви Сатаны. Ну и с пентограммой Пенроуза:
По крайней мере, видно, что что-то тут нечисто и белки, образующие пентаграмму, тесно связаны (даже коэкспрессируются). Чтобы понять, в каких именно процессах они взаимодействуют, я решил воспользоваться базой Reactome. Загрузив туда список ID, я получил карту следующего вида:
По рисунку 3 видно, что наиболее обогащена группа белков, участвующих в метаболизме водорастворимых витаминов, а в особенности - витамина B2 или рибофлавина. На рисунке ниже показана структура рибофлавина и упрощённая схема его метаболизма из статьи:
Посмотрим теперь, какие из наших белков как участвуют в этом процессе. Для этого воспользуемся функциями Reactome:
Получается, что почти все ключевые белки, участвующие в метаболизме рибофлавина - в нашем списке (исключение составляют мембранные транспортеры, которых у нас нет).
Ну и напоследок решил посмотреть на то, как различаются уровни экспрессии двух ферментов из списка, катализирующих последовательные реакции: RFK и FLAD1:
