Учебный сайт Шиндяпиной А.В.

Пространственное выравнивание и совмещение

PyMol команда align

С помощью команды align в PyMol сделала совмещение цепи А из белков 1HY0 и 1I0A по каждому из доменов (предсказаны CATH). Для обоих белков границы доменов совпадают:

1: 27-123, 195-234
2: 124-194, 235-364, 437-463
3: 365-436

Ниже представлены изображения по всем трем совмещениям и их значения RMSD (rms в PyMol):

1. RMSD=0.371

2. RMSD=0.409

3. RMSD=0.527

Как видно, при совмещении по 1-м и по 3-м доменам остальные части цепей сильно расходятся. В случае всех трех совмещений по доменам RMSD очень хороший (<0.6). Из чего можно сделать вывод, что при задаче совмещения структур белков чаще будет правильнее смотреть совмещение не по всей их структуре, а по более консервативным, доменным участкам.

Команды pair_fit, align и super

Для того, чтобы воспользоваться командой pair_fit для начала с помощью сервиса Geometrical core определила геометрическое ядро структур цепи A 1AKH и 1W0T:

Pos.	1AKH_A	1W0T_A
11	ALA83	LYS389
12	PHE84	ASN390
13	LEU85	LEU391
15	GLU87	SER393
28	LYS100	TRP403
29	GLU101	SER404
30	GLU102	LYS405
31	VAL103	ILE406
41	THR110	THR416
42	PRO111	SER417
43	LEU112	VAL418
44	GLN113	MET419
45	VAL114	LEU420
46	ARG115	LYS421
47	VAL116	ASP422
48	TRP117	ARG423
49	PHE118	TRP424
50	ILE119	ARG425
51	ASN120	THR426
52	LYS121	MET427
53	ARG122	LYS428
54	MET123	LYS429
55	ARG124	LEU430

Выделив эти два множества (только ca атомы):
select core1, 1akh and chain a and name ca and (resi 83-85+87+100-103+110-124)
select core2, 1w0t and chain a and name ca and (resi 389-391+393+403-406+416-430)
сделала пространственное выравнивание командой pair_fit core1, core2:

Как видно, выравнивание получилось довольно хорошое, RMSD=0.865.
Выравнивание, полученное командой align для полных цепей, явно не имеет никакого биологичекого смысла, т.к. выравнилось только 69 атомов (и то для них RMSD=1.340):

Выравнивание командой super намного более смысловое, чем предыдущее, но RMSD у него 2.186, меньше чем в случае pair_fit, т.е. оно хуже.