BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных по гомологииv.

Работа с программой Blastp.

Поиск белка GlpF по фрагменту его аминокислотной последовательности.

Результьтаты поиска по фрагменту длиной 30 аминокислот (MSQTSTLKGQCIAEFLGTGLLIFFGVGCVA):

Результьтаты поиска по фрагменту длиной 10 аминокислот (MSQTSTLKGQ):

Причины отличий.

Различия в e-value могут быть обяснены тем, что с уменьшением длины последовательности, по которой проводился поиск, возрастает вероятность простого совпадения аминокислот. Т.е. скорее всего произойдет простое совпадение 10 аминокислот, чем 30.

Различия в величине score также объяcняется длиной заданной последовательности. При меньшей длине (10 аминокислот) программа создаст больше гэпов, чем с большей (30 аминокислот).

У найденных белков разные порядковые номера, т.к. чем меньшее количество аминокислот мы используем для поиска, тем выше вероятность того, что большая выборка белков будет обладать данной последовательностью.

Причины сходств.

Идентичность 100%, что указывает на адекватность поиска, т.е. найден тот белок, который и был источником данных выборок аминокислот.

Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов.

На примере поиска по последовательности репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis была проведена проверка: является ли Blastp инструментом для поиска ортологов. В данном случае ортологами считались белки из разных организмов, в названии которых было RbsR.

Выборка получилась следующая (e-value до 10):

В результате поиска Blast способен находить ортологов, но не является специализированным инструментом для подобной цели, т.к. помимо необходимых белков (в названии которых было RbsR), он находит массу других, обладающих сходством с заданной последовательностью, но не ортологов (с другим описанием функций.) Доля последних составляет значительную часть. Следовательно, Blast можно использовать для подобного поиска, но при этом результат необходимо обрабатывать вручную.

Главная страница