| Главная | Семестры | Обо мне | Ссылки |
|---|
Описание генома археи Methanococcus voltae, штамм А3
Methanococcus voltae - анаэробные, грамотрицательные, коккоидной формы организмы, относящиеся к домену Archaea. Они принадлежат к группе метаногенов. Место обитания – соляные болота. Патогенных форм среди них не выявлено. M.voltae получают энергию в процессе метаногенеза, превращая углекислый газ и водород в метан. Для нормального функционирования им необходим селен.
Археи играют большую роль в образовании метана. При дальнейшем их изучении возможны разработки новых видов альтернативного топлива и возобновляемых ресурсов энергии [1].
На рисунке 1 представлено единственное изображение M.voltae, найденное мной в сети Интернет.
Рис. 1. Изображение Methanococcus voltae, полученное с помощью иммунофлуоресцентной микроскопии.
Увеличение в 4000 раз. Источник рисунка: http://www.the-icsp.org/misc/methanogens_images/Mcs_voltae.htm
Полный геном археи M. voltae, штамм А3, представлен одной хромосомой, то есть одной двуцепочечной молекулой ДНК. Вся информация взята из записи NC_014222 базы данных RefSeq. Общая длина генома – 1936387 пар нуклеотидов. В записи приведена последовательность одной из двух комплементарных цепей ДНК.
По данным из записи NC_014222, в геноме закодировано 1768 генов. Из них 1717 генов, кодирующих белки, остальные 51 кодируют РНК. Указано 4 псевдогена, т.е. последовательностей нуклеотидов, ранее кодировавших белки, но в процессе эволюции способность бактериальной клетки экспрессировать белки с этих последовательностей была утрачена.
Описание оперона АТФ-синтазы в геноме M. voltae, штамм А3
АТФ-синтаза – белок, состоящий из многих субъединиц, главная функция которого состоит в синтезе АТФ – молекул, аккумулирующих энергию. B-субъединица АТФ-синтазы закодирована на комплементарной цепи, см. рис.2, кодирующий ее ген называется Mvol_0192.
Рис. 2. Окрестность гена Mvol_0192 в геноме M. voltae, штамм А3. Приведен участок хромосомы с координатами 188000..202000. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
На рис. 2 представлены все сонаправленные с Mvol_0192 гены. Все сонаправленные гены также описаны в таблице 1. Из таблицы следует, что возможный оперон включает 10 белков, из них 9 описаны как компоненты АТФ-синтазы.
Таблица 1. Гены, предположительно, составляющие оперон АТФ-синтазы. Предыдущий (Mvol_0183) и следующий (Mvol_0195) расположены на комплементарной цепи (т.е. в ориентации -1), поэтому в таблицу не включены
| № | Координаты гена в геноме | Ориентация | Идентификатор гена | Продукт гена по данным NCBI (/product) | Перевод названия продукта на русский язык |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 190,643..190,954 | +1 | Mvol_0185 | ATP synthase H subunit | Н-субъединица АТФ-синтазы |
| 2 | 191,265..193,307 | +1 | Mvol_0186 | V-type ATPase 116 kDa subunit | Субъединица АТФазы типа V с молекулярной массой 116 кДа |
| 3 | 193,488..194,159 | +1 | Mvol_0187 | V-ATPase proteolipid subunit | Протеолитическая субъединица АТФазы типа V |
| 4 | 194,481..195,092 | +1 | Mvol_0188 | H+transporting two-sector ATPase E subunit | Е-субъединица переносящей протоны двухсекторной АТФазы |
| 5 | 195,152..196,318 | +1 | Mvol_0189 | ATP synthase A1 subunit C | С-субъединица АТФ-синтазы А1 |
| 6 | 196,367..196,666 | +1 | Mvol_0190 | Vacuolar H+transporting two-sector ATPase F subunit | F-субъединица вакуолярной переносящей протоны двухсекторной АТФазы |
| 7 | 196,965..198,722 | +1 | Mvol_0191 | ATP synthase subunit A | А-субъединица АТФ-синтазы |
| 8 | 198,885..200,279 | +1 | Mvol_0192 | V/A-type ATP synthase (non-catalytic) subunit B | B-субъединица АТФ-синтазы (не каталитической) типа V или A |
| 9 | 200,412..201,047 | +1 | Mvol_0193 | V-type ATPase, D subunit | D-субъединица АТФазы типа V |
| 10 | 201,690..202,067 | +1 | Mvol_0194 | hypothetical protein | Гипотетический белок |
Источники:
[1] http://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Methanococcus_voltae