Гидрофобное взаимодействие и гидрофобные кластеры белка RadA (идентификатор PDB 3NTU)

В образовании третичной структуры белка одну из ключевых ролей играют взаимодействия между гидрофобными радикалами некоторых аминокислотных остатков. Это радикалы неполярных алифатических и ароматических аминокислот. Я использовала скрипт Jmol atom-types.spt (загрузить), чтобы выделить все гидрофобные радикалы. Результат выделения показан на рис. 1.

Рис. 1. Гидрофобные аминокислоты в составе белка RadA (выделены серым). Получено с помощью Jmol.

Какой-либо обособленный гидрофобный кластер, судя по рис. 1, выделить сложно. Аминокислоты с гидрофобными радикалами присутствуют во всем объеме белка, причем внутри их гораздо больше, чем на поверхности, что непосредственно следует из их свойства. Поэтому PDB файл белка был обработан сервисом CluD, который занимается поиском именно отдельных гидрофобных кластеров. Самый крупный найденный кластер представлен на рис. 2.

Рис. 2. Крупнейший гидрофобный кластер белка RadA (оранжевого цвета). Получено с помощью CluD.