Работа с KEGG ORTHOLOGY

Для дальнейшего изучения был выбран пентозофосфатный путь: map00030. В процессе этого пути из фосфорилированной глюкозы, полученной в результате гликолиза, образуется НАДН и пентозы, которые далее используются для синтеза нуклеотидов.

Реакцию 1.2.99.8 этого пути катализируют три ортологичных ряда белков: K18020 (20 белков), K18021 (19 белков), K18022 (18 белков). Эти ряды соответствуют соответственно большой, средней и малой субъединицам фермента глицеральдегиддегидрогеназы. Схема пентозофосфатного пути с отмеченной выбранной реакцией приведена на рис. 1.

Рис. 1. Схема пентозофосфатного пути. Красным отмечена выбранная реакция

Далее были получены последовательности всех белков субъединиц фермента глицеральдегиддегидрогеназы. Последовательности были выровнены с помощью Muscle. Из выравнивания видно, что три субъединицы фермента не гомологичны между собой, поэтому нет смысла строить дерево. Внутри каждой группы субъединиц выравнивание хорошее.
Выравнивание: загрузить. Проект JalView: загрузить.