Использование сервисов PDB

Получить таблицу Excel с информацией о всех PDB файлах, удовлетворяющих нескольким критериям

Я искала все структуры архей рода Methanococcus с разрешением РСА 2Å и меньше. Advanced Search PDB: запрос TaxonomyTree Search for Methanococcus and Resolution is between 0.0 and 2.0 Нашлось 13 структур, из них 7 белков репарации и рекомбинации RadA, 2 неизвестных белка (Uncharacterized protein), остальные белки по одному. Страницы поиска долго грузятся, особенно окошко с выпадающим филогенетическим деревом (можно искать в строке, можно открывать дерево).

Чтобы получить таблицу Excel с нужной информацией, на странице со всеми результатами нужно найти окно Reports, выбрать поля таблицы из имеющегося списка или задать свои (Customized Table). Я выбрала следующие поля Customized Table: Structure Title, Experimental Method, Resolution [Å], Classification, Source (Biological Details), PubMed ID (Primary Citation).
Таблица с результатами: скачать

Получить последовательности белков, удовлетворяющих критериям, в одном fasta-файле

На странице со всеми результатами поиска: Download Files -> Download: Sequences (Single FASTA File, uncompressed) Все скачивания происходят через приложение Download Tool, написанное на Java, которое нужно скачать и открыть (предварительно установив Java на компьютер, если вы этого еще не сделали).
Полученный файл с последовательностями: скачать

Скачать найденные структуры PDB

На странице со всеми результатами поиска: Download Files -> Download: Coordinates & Experimental Data (Coordinates: PDB, uncompressed). Можно добавить карту электронной плотности или файл со структурными факторами, если необходимо.
Архив со всеми структурами: скачать