Поисковая система SRS

Особенности cтруктуры CRH

Последовательность белка:
MVQQKVEVRLKTGLQARPAALFVQEANRFTSDVFLEKDGKKVNAKSIMGLMSLAVSTGTE VTLIAQGEDEQEALEKLAAYVQEEV

1) Особенность 15ого аминокислотного остатка: по этому остатку проводили искусственный мутагенез, в результате чего белок перестал выполнять свою функцию.
Выходные данные:

 
ID   CRH_BACSU_4;  parent: CRH_BACSU
FT   MUTAGEN      15     15       Q->H: Can not fulfill its catalytic role
FT                                within PTS transport. Does not affect
FT                                dimerization.
SQ   Sequence     1 AA;
     Q
//

2) Начиная с 40, заканчивая 43 остатком, тянется в-лист.
Данные:

ID   CRH_BACSU_9;  parent: CRH_BACSU
FT   STRAND       40     43
SQ   Sequence     4 AA;
     KKVN
//

3) Вся цепь белка CRH, состоящая из 85 аминокислотных остатков, образует один единый домен.

ID   CRH_BACSU_2;  parent: CRH_BACSU
FT   DOMAIN        1     85       HPr.
SQ   Sequence    85 AA;
     MVQQKVEVRL KTGLQARPAA LFVQEANRFT SDVFLEKDGK KVNAKSIMGL MSLAVSTGTE
     VTLIAQGEDE QEALEKLAAY VQEEV
//

Список PDB-структур

PDB:2AK7
PDB:1K1C
PDB:1MO1
PDB:1MU4
PDB:2RLZ
PDB:1ZVV

Запросы

В данной таблице 1 представлены формулировки запросов, их синтаксис и суммарное количество найденных записей, соответственно.

Таблица встеречаемости в SwissProt белков из Firmicutes , имеющих функцию, сходную с функцией белка CRH из Bacillus subtilis (таблица 1)

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
HPr-like protein Crh*	([swissprot-Taxonomy:Firmicutes] & ((([swissprot-Description:HPr-like] & [swissprot-Description:protein]) & [swissprot-Description:Crh]) \| [swissprot-Description:HPr-like protein Crh*]))	2
Catabolite repression HPr*	([swissprot-Taxonomy:Firmicutes] & ((([swissprot-Description:Catabolite] & [swissprot-Description:repression]) & [swissprot-Description:HPr]) \| [swissprot-Description:Catabolite repression HPr*]))	2
Catabolite repression HPr*	([libs={swissprot sptrembl}-Taxonomy:Firmicutes] & ((([libs-Description:Catabolite] & [libs-Description:repression]) & [libs-Description:HPr]) \| [libs-Description:Catabolite repression HPr*]))	12

Последовательности.

На основе третьего запроса из таблицы 1 были получены записи последовательностей белков из разных организмов группы Firmicutes и гомологичных белку CRH из B. subtilis. Последовательности представлены в fasta-формате.
Файл с последовательностями

Информация

На основе третьего запроса из таблицы 1 были получены записи, в которых кроме аминокислотных последовательностей, представлены также идентификаторы, коды доступа, названия организмов, а также описания белков и их длина. Вся информация просуммирована в таблице 2