BLAST

Поиск организма по участку последовательности ДНК

Последовательность:

>17
agaccgttgctgagtactacaaaattaaagtcgctgacctgctttctaagcgccgctcgc
gctcggtagcgcgtccgcgtcaaatggcgatggcgatggctaaagagctgactaaccaca
gtttgccggagatcggcgacgcttttggtggtcgcgaccataccacggtacttcacgctt
gccgtaagattgagcaactgcgtgaagaaagccacgacatcaaagaagatttctcaaatc
tcatcagaacattatcttcgtgacgctatgaaatttattgttgaacgtgaacagttgcta

Результаты поиска:

AC: HE617160.1
Организм: Pantoea ananatis
Координаты: 1145-1444
Ген: dnaN
ATPаза участвующая в инициации репликации, является бета-субъединицей ДНК-полимеразы III

Гомолог гена

Ген: SUZ12_HUMAN

Последовательность белка:

>SUZ12_HUMAN Q15022 Polycomb protein SUZ12 
MAPQKHGGGGGGGSGPSAGSGGGGFGGSAAVAAATASGGKSGGGSCGGGGSYSASSSSSA
AAAAGAAVLPVKKPKMEHVQADHELFLQAFEKPTQIYRFLRTRNLIAPIFLHRTLTYMSH
RNSRTNIKRKTFKVDDMLSKVEKMKGEQESHSLSAHLQLTFTGFFHKNDKPSPNSENEQN
SVTLEVLLVKVCHKKRKDVSCPIRQVPTGKKQVPLNPDLNQTKPGNFPSLAVSSNEFEPS
NSHMVKSYSLLFRVTRPGRREFNGMINGETNENIDVNEELPARRKRNREDGEKTFVAQMT
VFDKNRRLQLLDGEYEVAMQEMEECPISKKRATWETILDGKRLPPFETFSQGPTLQFTLR
WTGETNDKSTAPIAKPLATRNSESLHQENKPGSVKPTQTIAVKESLTTDLQTRKEKDTPN
ENRQKLRIFYQFLYNNNTRQQTEARDDLHCPWCTLNCRKLYSLLKHLKLCHSRFIFNYVY
HPKGARIDVSINECYDGSYAGNPQDIHRQPGFAFSRNGPVKRTPITHILVCRPKRTKASM
SEFLESEDGEVEQQRTYSSGHNRLYFHSDTCLPLRPQEMEVDSEDEKDPEWLREKTITQI
EEFSDVNEGEKEVMKLWNLHVMKHGFIADNQMNHACMLFVENYGQKIIKKNLCRNFMLHL
VSMHDFNLISIMSIDKAVTKLREMQQKLEKGESASPANEEITEEQNGTANGFSEINSKEK
ALETDSVSGVSKQSKKQKL

Было найдено 2 хита:

Оба выравнивания характеризуются высокой идентичностью (95-98%).
E-Value находок: 2E-218 и 1E-179.
Длина выравниваний: 35783 и 3690.

Белок оказался разбит на 2 участка, при этом, позиции на хромосоме слона коллинеарны участкам белка. Оба хита лежат на одной контиге: loxAfr3:scaffold_31:1:29745944:1 REF. Вероятно программа не правильно определила ген и оба хита следует объединить в один ген.

Таким образом:

Координаты гена: 1405493 - 1446699
Количество интронов: 13-14

Дело в том, что кусок белка (401-427) был потерян между хитами. Возможно, он присутствует в геноме слона и просто не был замечем программой. Однако, возможна и делеция этого экзона. Таким образом, если этого экзона нет, то в сумме 13 интронов, а если есть,- 14.

Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

Организм: Magnetococcus marinus MC-1
Порядок: Magnetococcales

Интересуемая последовательность: Метиониновая тРНК.

>ENA|CP000471|CP000471.1 Magnetococcus marinus MC-1, complete genome. : Location:1..76
TAAATGACCGATATAACGCGCGCGTTGCGTTCTTCTATCCATTGAGACCGGCACCGTTCC
CGAGTACCATGGGGTG

Результаты:
К сожалению, в порядке Magnetococcales всего 1 организм с секвенированным геномом, поэтому любой из алгоритмов BLAST давал единственный хит - ту самую тРНК.

Для проверки был взят другой организм:

Организм: Eggerthella lenta
AC генома: CP001726.1
Порядок: Coriobacteriales

Интересуемая последовательность: Аргининовая тРНК.

>ENA|CP001726|CP001726.1 Eggerthella lenta DSM 2243, complete genome. : Location:1..77
AAACGCTACAATGCCTTTGAATGTTGCTGAAAAATGCTGAATATCGAATCTGAAAACGGA
ACACCATTGGACAACCA

Результаты:

Алгоритм megablast: 2 хита
Алгоритм blastn с параметрами по умолчанию: 2 хита
Алгоритм blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1: 3 хита