Реконструкция филогенетических деревьев

Дерево и систематика

Отобранные бактерии

Название	Мнемоника
Bacillus subtilis	BACSU
Clostridium botulinum	CLOB1
Finegoldia magna	FINM2
Geobacillus kaustophilus	GEOKA
Lactobacillus delbrueckii	LACDA
Lactococcus lactis	LACLM
Staphylococcus epidermidis	STAES
Streptococcus pneumoniae	STRPN

Систематика бактерий:

Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiales incertae sedis; Clostridiales Family XI. Incertae Sedis; Finegoldia
Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus subtilis group
Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Geobacillus
Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Lactococcus
Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus

Как видно, дерево 1 отлично соотносится с данными систематики:

Все организмы относятся к группе Firmicutes
Ветвь {CLOB1, FINM2} соответствует филлуму Clostridia, а ветвь {BACSU, GEOKA, STAES, STRPN, LACLM, LACDA} - Bacilli
Ветвь {BACSU, GEOKA, STAES} соответствует порядку Bacillales, ветвь {STRPN, LACLM, LACDA} - порядку Lactobacillales
Ветвь {BACSU, GEOKA} соответствует семейству Bacillaceae, которому противостоит семейство Staphylococcaceae
Ветвь {STRPN, LACLM} соответствует семейству Streptococcaceae, которому противостоит семейство Lactobacillaceae

Реконструкция филогенетического дерева по последовательностям шаперонина HSLO

При помощи программы JalView было произведено выравнивание (Tcoffee) последовательностей гомологов-шаперонинов всех отобранных бактерий.
По выравниванию были построены деревья 1-4.

	Дерево 1. Построено алгоритмом Average Distance Using % Identity
	Дерево 2. Neighbour Joining Using % Identity
	Дерево 3. Average Distance Using BLOSUM62
	Дерево 4. Neighbour Joining Using BLOSUM62

Отличия сконструированных деревьев от правильного:

Дерево 1
На обоих деревьях есть ветви: {STRPN, LACLM}, {GEOKA, BACSU}, {GEOKA, BACSU, STAES}
Только на правильном дереве есть ветви: {FINM2, CLOB1}, {STRPN, LACLM, LACDA}
Только на на дереве 1 есть ветви: {CLOB1, LACDA, GEOKA, BACSU, STAES}, {LACDA, GEOKA, BACSU, STAES}
Дерево 2 Совпадают практически все ветви, различие только в том, что алгоритм Neighbour Joining Using % Identity не смог определить порядок отхождения ветвей - {STRPN, LACLM}, {LACDA} и {GEOKA, BACSU, STAES}, в следствии чего образовался тройной узел. Одно из разрешений этого небинарного дерева соответствует правильному.
Дерево 3 идентично дереву 1
Дерево 4 идентично дереву 2

Анализ выравнивания при помощи метода Maximum Parsimony

В программе Mega можно провести анализ полученного в Jalview выравнивания методом Maximum Parsimony.

Полученое дерево отличается от правильного тем, что в нем нет ветви {BACSU, GEOKA},которая соответствует семейству Bacillaceae. При этом на обоих деревьях есть ветвь {BACSU, GEOKA, STAES}. Таким образом, листья STAES и GEOKA поменяны местами.