Классификация ферментов (EC)

Информация о ферменте

Идентификатор фермента - Q9UHE8.
Идентификатор в EC - 1.16.1.7.

Классификация устроена следующим образом:

1. - класс оксидоредуктазы
1.16. - подкласс - ферменты, окисляющие ионы металлов
1.16.1. - подподкласс - акцептор электронов NAD+ или NADP+
1.16.1.7 - фермент является NADH-зависимой редуктазой хелатов железа (ferric-chelate reductase (NADH)).

Фермент осуществляет реакцию:
2 Fe(II) + NAD+ + H+ = 2 Fe(III) + NADH

Ферменты со схожими функциями у человека

При помощи SRS было определено количество ферментов со сходными функциями у человека:

1.* - 3552 фермента
1.16.* - 9 ферментов
1.16.1.* - 5 ферментов
1.16.1.7 - нет ферментов

Сохранение функции белков со схожей последовательностью

Для проверки корреляции между консервативностью последовательности и сохранением выполняемой функции были найдены все ферменты класса оксидоредуктаз из мыши (Mus musculus) (Идентификаторы ферментов, Последовательности ферментов). Также были найдены ферменты того же подкласса и подподкласса:

1.* - 548 ферментов

1.16.* - 9 ферментов

1.16.1. - 5 ферментов

1.16.1.7 - нет ферментов

Далее, для установления гомологии между белком Q9UHE8 и ферментами-оксидоредуктазами из мыши, был проведен blasp:

seqret sw:STEA1_HUMAN
makeblastdb -in seq.fasta -out db -dbtype prot
blastp -query stea1_human.fasta -db db -out blast.out -evalue 1111

Судя по выдаче blast BLAST.out нашлось 4 достоверных гомолога:

                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  sp|Q9CWR7|STEA1_MOUSE Metalloreductase STEAP1 OS=Mus musculus G...   588    0.0   
  sp|Q8BWB6|STEA2_MOUSE Metalloreductase STEAP2 OS=Mus musculus G...   308    9e-102
  sp|Q8CI59|STEA3_MOUSE Metalloreductase STEAP3 OS=Mus musculus G...   288    2e-94 
  sp|Q923B6|STEA4_MOUSE Metalloreductase STEAP4 OS=Mus musculus G...   229    8e-72

Найденные ферменты являются гомологами Q9CWR7 - это тоже NADH-зависимые металлоредуктазы.
Остальные ферменты, имеющие тот же подкласс, скорее всего, не являются гомологами Q9UHE8:


  sp|Q9D5H4|FTMT_MOUSE Ferritin, mitochondrial OS=Mus musculus GN...  18.1      347 

  sp|Q8C1A3|MTRR_MOUSE Methionine synthase reductase OS=Mus muscu...  18.9      190

  sp|Q61147|CERU_MOUSE Ceruloplasmin OS=Mus musculus GN=Cp PE=1 SV=2  19.2      159
  sp|O35943|FRDA_MOUSE Frataxin, mitochondrial OS=Mus musculus GN...  19.2      137

  P09528 - не найдено

Таким образом, можно сделать вывод о том, что у относительно близкородственных организмов (в масштабе всего древа жизни) сходство функции скорее всего означает гомологию.