Необходимо было скачать все последовательности белков, структуры которых определенны при помощи метода электронной микроскопии, в виде одного FASTA файла.
Для этого в Advanced search была выбрана характеристика Experimental method и в ней - Electron Microscopy,
а также Macromolecule type и Contain Protein - Yes.
Всего было найдено 897 записей, и последовательности структур были загружены в fasta-формате в виде единого файла.
Проводился поиск структурных гомологов белка северина (PDB: 1SVY).
В PDBeFold (параметры по умолчанию) было найдено 13 хитов, а с помощью jFATCAT (также по умолчанию) - 51 находка.
Таблицу Excel со сравнением двух списков хитов можно скачать по ссылке.
Зелеными выделены те находки, которые являются общими для двух ресурсов, а желтым -
уникальные для PDBeFold. Следует отметить, что PDBeFold нашел более близкие структурные гомологи (с меньшим rmsd), чем jFATCAT. Также следует отметить,
что между одними и теми же находками в разных сервисах есть отличия в rmsd.